Guideseq
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doi：10.18129/b9.bioc.guideseq
这是发展Guideseq的版本；对于稳定版本，请参阅Guideseq。
指南塞克和帕特序列分析管道
生物导体版本：开发（3.16）
该软件包实现了指南seq和Petag-seq分析工作流程，包括用于过滤UMI的功能和覆盖范围低的读取功能，获得了独特的插入位点（裂解的代理），估计插入位点的位置，AKA，AKA，峰，峰，合并了估计的插入位点位置从Plus和减去链，并对插入站点周围的扩展区域进行目标搜索。
作者：Lihua Julie Zhu，Michael Lawrence，Ankit Gupta，HervéPagès，Alper Kucukural，Manuel Garber，Scot A. Wolfe
维护者：Lihua Julie Zhu
引用（从r内，输入引用（“ gudeseq”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：
if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ guideseq”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Guideseq”）
| R脚本 | Guideseq小插图 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | CRISPR，，，，结肠管制，，，，免疫学，，，，测序，，，，软件，，，，工作流程 |
| 版本 | 1.27.2 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.2（R-3.2）（7年） |
| 执照 | GPL（> = 2） |
| 要看 | r（> = 3.5.0），基因组机，，，，生物基因 |
| 进口 | 生物比较，，，，生物弦，，，，CRISPRSEEK，，，，Chippeakanno，，，，Data.Table，，，，矩阵，，，，BSGENOME， 平行，iranges（> = 2.5.5），S4VECTORS（> = 0.9.6），基因组签名（> = 1.7.3），GenomeInfodB，，，，rsamtools，，，，哈希，，，，林玛，，，，dplyr，，，，GenomicFeatures |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特，，，，运行，，，，生物使用，，，，bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，org.hs.eg.db，，，，测试（> = 3.0.0） |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | CRISPRSEEKPLUS |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | GuidEseq_1.27.2.tar.gz |
| Windows二进制 | GuidEseq_1.27.2.2.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | GuidEseq_1.27.2.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/guideseq |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/guideseq |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/guideseq/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
