Gseaming

doi：10.18129/b9.bioc.gseamining

这是发展Gseaming的版本；对于稳定版本，请参阅Gseaming。

具有生物学的基因集富集分析输出

生物导体版本：开发（3.16）

基因集富集分析是一种非常强大且有趣的计算方法，可在差异表达基因和生物过程之间易于相关。不幸的是，尽管它旨在帮助研究人员解释基因表达数据，但它可以产生大量的结果，它们的生物学含义可能难以解释。许多可用的工具依赖于层次结构化的基因本体（GO）分类来减少结果中的重组。但是，由于GSEA的流行，更多的基因集集合（例如分子特征数据库中的集合）正在出现。由于这些收藏不是作为GO中的收藏品组织，因此GSEA的使用并不总是给出一个直接的答案，换句话说，获取所有卑鄙的信息可能会通过当前可用的工具具有挑战性。由于这些原因，Gseamining天生就是一个简单的工具，可以创建可再现的报告，以帮助研究人员对GSEA产量有生物学意义。鉴于GSEA的结果，基于铅缘边缘（核心）子集中相同基因的存在，gseam clusters集群集合集合。前沿子集是那些对每个基因或基因集合集合的富集评分最大的基因。因此，参与类似生物学过程的基因集应共享共同的基因，进而共享聚类。之后，Gseaming能够为每个群集识别和表示： - 基因集名称中最丰富的术语（如WordClouds） - 前缘子集中最丰富的基因（如bar图）。 In each case, positive and negative enrichments are shown in different colors so it is easy to distinguish biological processes or genes that may be of interest in that particular study.

作者：OriolArqués[AUT，CRE]

维护者：gmail.com上的oriolarqués

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version ='devel'）biocmanager :: install（“ gseamining”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Gseamining”）

html	R脚本	Gseaming
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	聚类，，，，基因烯，，，，软件，，，，可视化
版本	1.7.0
在生物导体中	Bioc 3.12（R-4.0）（1。5年）
执照	GPL-3 |文件执照
要看	R（> = 4.0）
进口	dplyr，，，，字样，，，，Dendextend，，，，蒂布尔，，，，GGPLOT2，，，，GGWORDCLOUD，，，，Stringr，，，，栅格，，，，rlang，grdevices，图形，统计，方法
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，clusterProfiler，，，，测试
系统要求
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	gseamining_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	gseamining_1.7.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	gseamining_1.7.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gseamining
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/gseamining
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/gseamining/
软件包下载报告	下载统计