GSEABenchmarkeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.GSEABenchmarkeR

这是发展版本的GSEABenchmarkeR;稳定发布版本请参见GSEABenchmarkeR．

可重复的GSEA基准测试

Bioconductor版本:开发(3.16)

GSEABenchmarkeR包实现了一个可扩展的框架，用于对基于集合和网络的基因表达数据富集分析方法的可重复评估。这包括在标准工作站和机构计算机网格上使用并行计算，支持在综合真实数据汇编(微阵列和RNA-seq)上高效执行这些方法。然后可以评估方法的运行时间，统计显著性，和相关的结果的表型调查。

作者:Ludwig Geistlinger [aut, cre]， Gergely Csaba [aut]， Mara Santarelli [ctb]， Lucas Schiffer [ctb]， Marcel Ramos [ctb]， Ralf Zimmer [aut]， Levi Waldron [aut]

维护者:Ludwig Geistlinger

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("GSEABenchmarkeR")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“GSEABenchmarkeR”)

超文本标记语言	R脚本	可重复的GSEA基准测试
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，GeneSetEnrichment，GraphAndNetwork，ImmunoOncology，微阵列，网络，NetworkEnrichment，通路，RNASeq，ReportWriting，软件，可视化
版本	1.17.0
在Bioconductor公司	BioC 3.7 (R-3.5)(4年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5.0)，Biobase，SummarizedExperiment
进口	AnnotationDbi，AnnotationHub，BiocFileCache，BiocParallel，刨边机，EnrichmentBrowser，ExperimentHub， grDevices，图形，KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO，KEGGdzPathwaysGEO、方法、S4Vectors，统计，效用
链接
建议	BiocStyle，GSE62944，knitr，rappdirs，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/waldronlab/GSEABenchmarkeR
BugReports	https://github.com/waldronlab/GSEABenchmarkeR/issues
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	GSEABenchmarkeR_1.17.0.tar.gz
Windows二进制	GSEABenchmarkeR_1.17.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	GSEABenchmarkeR_1.17.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/GSEABenchmarkeR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GSEABenchmarkeR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GSEABenchmarkeR/
软件包下载报告	下载数据