GSEABenchmarkeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.GSEABenchmarkeR

这是发展版本的GSEABenchmarkeR;稳定发布版本请参见GSEABenchmarkeR

可重复的GSEA基准测试

Bioconductor版本:开发(3.16)

GSEABenchmarkeR包实现了一个可扩展的框架,用于对基于集合和网络的基因表达数据富集分析方法的可重复评估。这包括在标准工作站和机构计算机网格上使用并行计算,支持在综合真实数据汇编(微阵列和RNA-seq)上高效执行这些方法。然后可以评估方法的运行时间,统计显著性,和相关的结果的表型调查。

作者:Ludwig Geistlinger [aut, cre], Gergely Csaba [aut], Mara Santarelli [ctb], Lucas Schiffer [ctb], Marcel Ramos [ctb], Ralf Zimmer [aut], Levi Waldron [aut]

维护者:Ludwig Geistlinger

引用(从R中,输入引用(“GSEABenchmarkeR”)):

安装

要安装此包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("GSEABenchmarkeR")

对于较老版本的R,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请从R开始并输入:

browseVignettes(“GSEABenchmarkeR”)

超文本标记语言 R脚本 可重复的GSEA基准测试
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DifferentialExpressionGeneExpressionGeneSetEnrichmentGraphAndNetworkImmunoOncology微阵列网络NetworkEnrichment通路RNASeqReportWriting软件可视化
版本 1.17.0
在Bioconductor公司 BioC 3.7 (R-3.5)(4年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.5.0),BiobaseSummarizedExperiment
进口 AnnotationDbiAnnotationHubBiocFileCacheBiocParallel刨边机EnrichmentBrowserExperimentHub, grDevices,图形,KEGGandMetacoreDzPathwaysGEOKEGGdzPathwaysGEO、方法、S4Vectors,统计,效用
链接
建议 BiocStyleGSE62944knitrrappdirsrmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/waldronlab/GSEABenchmarkeR
BugReports https://github.com/waldronlab/GSEABenchmarkeR/issues
全靠我
进口我
建议我
给我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包 GSEABenchmarkeR_1.17.0.tar.gz
Windows二进制 GSEABenchmarkeR_1.17.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) GSEABenchmarkeR_1.17.0.tgz
源库 git clone https://git.bioconductor.org/packages/GSEABenchmarkeR
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GSEABenchmarkeR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/GSEABenchmarkeR/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下地点之一:

  • 支持网站-有关Bioconductor包装的问题
  • 正常词 邮件列表——用于包开发人员bob电竞体育官网