GSEABase

DOI:10.18129 / B9.bioc.GSEABase

这是发展GSEABase版本;稳定的发布版本,请参阅GSEABase。

基因集富集的数据结构和方法

Bioconductor版本:发展(3.16)

这个包提供了类和方法支持基因集富集分析(GSEA)。

作者:马丁·摩根Seth猎鹰,罗伯特先生

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“GSEABase”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“GSEABase”)

PDF	R脚本	介绍GSEABase
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	去,GeneExpression,GeneSetEnrichment,GraphAndNetwork,KEGG,软件
版本	1.59.0
Bioconductor自	BioC 2.1 (r - 2.6)(15年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.6.0),BiocGenerics(> = 0.13.8),Biobase(> = 2.17.8),注释(> = 1.45.3)、方法图(> = 1.37.2)
进口	AnnotationDbi,XML
链接
建议	hgu95av2.db,GO.db,org.Hs.eg.db,Rgraphviz,ReportingTools,testthat,BiocStyle,knitr
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我	AGDEX,BicARE,CCPROMISE,Cepo,cpvSNP,GSVAdata,npGSEA,承诺,splineTimeR,TissueEnrich
进口我	AUCell,BioCor,癌症,类别,categoryCompare,cellHTS2,cosmosR,EnrichmentBrowser,逃避,gep2pep,GISPA,GlobalAncova,GmicR,GSRI,GSVA,MIGSA,miRSM,mogsa,msigdb,oppar,PanomiR,phenoTest,承诺,RcisTarget,ReportingTools,scTGIF,signatureSearch,singleCellTK,singscore,SingscoreAMLMutations,激流回旋,麻雀,TFutils,vissE,天顶
建议我	BiocSet,计,globaltest,GOstats,GSAR,GSEAlm,桅杆,phenoTest
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	GSEABase_1.59.0.tar.gz
Windows二进制	GSEABase_1.59.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	GSEABase_1.59.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GSEABase
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GSEABase
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GSEABase/
包下载报告	下载数据