GRaNIE

DOI:10.18129 / B9.bioc.GRaNIE

这是发展GRaNIE版本;稳定的发布版本,请参阅GRaNIE。

GRaNIE:重建细胞类型特定的基因调控网络包括增强剂使用染色质可访问性和RNA-seq数据

Bioconductor版本:发展(3.16)

与疾病相关的遗传变异往往影响非编码区域,因此可能有监管职责。理解遗传变异的影响在这些监管区域,调制识别基因通过具体的监管元素(REs)是至关重要的。基因调控因素的影响,如增强剂,通常是特异性,可能因为转录因子的组合(TFs)调节给定强化剂celltype具体活动。这个TF活动可以与现有的工具,如量化diffTF和捕捉不同的绑定的TF在开放的染色质区域。集体,这形成了一个基因调控网络(入库单)和程控数据特有的TF-RE RE-gene链接。在这里,我们使用散装RNAseq和开放的染色质重构这样一个入库单(例如,使用ATACseq或ChIPseq开放染色质标记)和可选的TF活动数据。我们的网络包含不同类型的链接,连接TFs监管元素,后者与基因在附近或在同一个染色质域(少量)。我们使用一个统计框架经验罗斯福和权重分配给所有的链接使用permutation-based方法。

作者:基督教阿诺德(cre, aut],朱迪思Zaugg (aut), Rim穆萨(aut),阿曼德Reyes-Palomares[所有],乔凡尼Palla[所有],马克西姆Kholmatov(施)

维修工:基督教阿诺德< chrarnold在web.de >

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细节

biocViews	ATACSeq,BiomedicalInformatics,ChIPSeq,GeneExpression,GeneRegulation,GeneSetEnrichment,遗传学,GraphAndNetwork,NetworkInference,RNASeq,回归,软件,转录,转录组
版本	1.1.1
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(< 6个月)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.2.0),tidyverse,topGO
进口	futile.logger,使彻底失败,拼接而成,reshape2,data.table,matrixStats,矩阵,GenomicRanges,RColorBrewer,ComplexHeatmap,DESeq2,csaw,circlize,健壮的,进步、跑龙套、方法stringr,尺度,BiocManager,BiocParallel,igraph,S4Vectors,ggplot2,rlang,Biostrings,GenomeInfoDb,IRanges,SummarizedExperiment,forcats,gridExtra,limma,purrr,tidyselect,readr、网格tidyr,dplyr、统计、grDevices图形,magrittr,宠物猫,冬青,BiocFileCache,色彩
链接
建议	knitr,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene,org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,IHW,biomaRt,clusterProfiler,ReactomePA,剂量,ChIPseeker,testthat(> = 3.0.0),BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://grp-zaugg.embl-community.io/GRaNIE
BugReports	https://git.embl.de/grp-zaugg/GRaNIE/issues
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包档案

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源包	GRaNIE_1.1.1.tar.gz
Windows二进制	GRaNIE_1.1.1.zip(64位)
macOS 10.13(高山脉)	GRaNIE_1.1.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GRaNIE
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GRaNIE
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GRaNIE/
包下载报告	下载数据