哥特

DOI:10.18129 / B9.bioc.GOTHiC

这是发展哥特式的版本;稳定版请参见哥特．

Hi-C数据分析的二项式检验

Bioconductor版本:开发(3.17)

这是一个Hi-C分析包，使用累积二项式检验来检测远端基因组位点之间的相互作用，这些位点在Hi-C实验中具有明显多于预期的偶然读数。它将已映射的配对NGS读取作为输入，并返回基因组中给定bin大小的重要相互作用列表。

作者:Borbala Mifsud和Robert Sugar

维护者:Borbala Mifsud

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("GOTHiC")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“哥特”)

PDF	R脚本	package_vignettes.pdf
PDF		参考手册

细节

biocViews	表观遗传学，嗝，ImmunoOncology，预处理，测序，软件
版本	1.35.0
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(9年)
许可证	GPL-3
取决于	R(>= 3.5.0)，方法，GenomicRanges，Biostrings，BSgenome，data.table
进口	BiocGenerics，S4Vectors(> = 0.9.38),IRanges，Rsamtools，ShortRead，rtracklayer，ggplot2，BiocManager， grDevices, utils, stats，GenomeInfoDb
链接
建议	HiCDataLymphoblast
SystemRequirements
增强了	平行
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	GOTHiC_1.35.0.tar.gz
Windows二进制	GOTHiC_1.35.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	GOTHiC_1.35.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	GOTHiC_1.35.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GOTHiC
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GOTHiC
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GOTHiC/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GOTHiC/
软件包下载报告	下载数据