GEOquery

DOI:10.18129 / B9.bioc.GEOquery

这是发展GEOquery版本;稳定版请参见GEOquery．

从NCBI基因表达Omnibus (GEO)获取数据

Bioconductor版本:开发(3.14)

NCBI基因表达综合(GEO)是微阵列数据的公共存储库。考虑到这些资源丰富多样的性质，很自然地想要将BioConductor工具应用于这些数据。GEOquery是GEO和BioConductor之间的桥梁。

作者:Sean Davis

维护者:Sean Davis

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("GEOquery")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GEOquery”)

超文本标记语言	R脚本	使用GEOquery
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，微阵列，OneChannel，圣人，软件，TwoChannel
版本	2.61.0
在Bioconductor	BioC 1.8 (R-2.3)(15年)
许可证	GPL-2
取决于	方法,Biobase
进口	httr，readr(> = 1.3.1),xml2，dplyr，tidyr，magrittr，limma
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocGenerics，testthat，covr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/seandavi/GEOquery
BugReports	https://github.com/seandavi/GEOquery/issues/new
全靠我	DrugVsDisease，dyebiasexamples，GEOmetadb，GSE13015，GSE62944，扫描。通用产品
进口我	BeadArrayUseCases，bigmelon，ChIPXpress，coexnet，conclus，crossmeta，DExMA，天哪，GAPGOM，GSE13015，MACPET，minfi，MoonlightR，phantasus，重新计票，SRAdb
建议我	气道，antiProfilesData，AUCell，自治，ctsGE，dearseq，debCAM，diffcoexp，dyebias，EpiDISH，fgsea，GCSscore，GeneExpressionSignature，GenomicOZone，multiClust，MultiDataSet，muscData，omicsPrint，parathyroidSE，PCAtools，prostateCancerCamcap，prostateCancerGrasso，prostateCancerStockholm，prostateCancerTaylor，prostateCancerVarambally，quantiseqr，RegEnrich，RegParallel，RGSEA，Rnits，runibic，skewr，spatialHeatmap，TargetScore，zFPKM
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	GEOquery_2.61.0.tar.gz
Windows二进制	GEOquery_2.61.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	GEOquery_2.61.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GEOquery
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GEOquery
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GEOquery/
软件包下载报告	下载数据