GEOmetadb

DOI:10.18129 / B9.bioc.GEOmetadb

这是发展GEOmetadb版本;稳定版请参见GEOmetadb．

来自NCBI GEO的元数据汇编

Bioconductor版本:开发(3.17)

NCBI基因表达综合(GEO)是最大的微阵列数据公共存储库。然而，使用现有工具查找感兴趣的数据可能具有挑战性。GEOmetadb试图使访问与示例、平台和数据集相关的元数据更加可行。这是通过将所有NCBI GEO元数据解析为一个SQLite数据库来实现的，该数据库可以在本地存储和查询。GEOmetadb只是SQLite数据库及其相关文档的一个薄包装。最后，随着新数据被添加到GEO, SQLite数据库会定期更新，并且可以随时下载最新的元数据。GEOmetadb纸:http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/content/short/24/23/2798。

作者:Jack Zhu和Sean Davis

维护者:Jack Zhu

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("GEOmetadb")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GEOmetadb”)

超文本标记语言	R脚本	GEOmetadb
PDF		参考手册

细节

biocViews	基础设施，软件
版本	1.61.0
在Bioconductor	BioC 2.2 (R-2.7)(14.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	GEOquery，RSQLite
进口
链接
建议	knitr，rmarkdown，dplyr，tm，wordcloud
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	MetaIntegrator
建议我	antiProfilesData
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	GEOmetadb_1.61.0.tar.gz
Windows二进制	GEOmetadb_1.61.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	GEOmetadb_1.61.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	GEOmetadb_1.61.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GEOmetadb
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GEOmetadb
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GEOmetadb/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GEOmetadb/
软件包下载报告	下载数据