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- Bioconductor 3.17
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- GEOfastq(开发版)
GEOfastq
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DOI:10.18129 / B9.bioc.GEOfastq
这是发展GEOfastq版本;稳定的发布版本,请参阅GEOfastq。
下载ENA Fastqs GEO登记入册
Bioconductor版本:发展(3.17)
GEOfastq用于下载fastq文件从欧洲核苷酸存档(ENA)从一个从基因表达综合(GEO)加入。要做到这一点,样品从地理元数据检索和阅读顺序归档(SRA)。SRA运行到达然后用于构造FTP和粗ENA生成fastq文件的下载链接。
作者:亚历克斯·皮克林(cre, aut)
维护人员:亚历克斯·皮克林< alexvpickering gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“GEOfastq”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“GEOfastq”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“GEOfastq”)
| HTML | R脚本 | 使用GEOfastq包 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 | |
| 文本 | 许可证 |
细节
| biocViews | DataImport,RNASeq,软件 |
| 版本 | 1.7.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年) |
| 许可证 | 麻省理工学院+文件许可证 |
| 取决于 | |
| 进口 | xml2,房车,stringr,RCurl,doParallel,foreach,plyr |
| 链接 | |
| 建议 | BiocCheck,roxygen2,knitr,rmarkdown,testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| BugReports | https://github.com/alexvpickering/GEOfastq/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | GEOfastq_1.7.0.tar.gz |
| Windows二进制 | GEOfastq_1.7.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | GEOfastq_1.7.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | GEOfastq_1.7.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GEOfastq |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GEOfastq |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/GEOfastq/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/GEOfastq/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
