GDSArray

DOI:10.18129 / B9.bioc.GDSArray

这是发展GDSArray版本;稳定版请参见GDSArray．

将GDS文件表示为类数组对象

Bioconductor版本:开发(3.17)

GDS文件被广泛用于表示基因分型或序列数据。GDSArray包实现了' GDSArray '类，以类似矩阵的形式表示GDS文件中的节点，允许在_R_中轻松操作(例如，子集，数学转换)。数据一直保存在磁盘上，直到需要时，这样就可以处理非常大的文件。

作者:刘谦[aut, cre]， Martin Morgan [aut]， Hervé Pagès [aut]，郑秀文[aut]

维护者:Qian Liu

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("GDSArray")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GDSArray”)

超文本标记语言	R脚本	GDSArray:将GDS文件表示为类数组对象
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文本		新闻

细节

biocViews	DataRepresentation，GenotypingArray，基础设施，测序，软件
版本	1.19.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5)，gdsfmt、方法、BiocGenerics，DelayedArray(> = 0.5.32)
进口	工具,S4Vectors(> = 0.17.34),SNPRelate，SeqArray
链接
建议	testthat，knitr，减价，rmarkdown，BiocStyle，BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Bioconductor/GDSArray
BugReports	https://github.com/Bioconductor/GDSArray/issues
全靠我
进口我	CNVRanger，VariantExperiment
建议我	DelayedDataFrame
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	GDSArray_1.19.0.tar.gz
Windows二进制	GDSArray_1.19.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	GDSArray_1.19.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	GDSArray_1.19.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GDSArray
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GDSArray
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GDSArray/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GDSArray/
软件包下载报告	下载数据