GDSArray

DOI:10.18129 / B9.bioc.GDSArray

这是发展GDSArray版本;稳定版请参见GDSArray

将GDS文件表示为类数组对象

Bioconductor版本:开发(3.17)

GDS文件被广泛用于表示基因分型或序列数据。GDSArray包实现了' GDSArray '类,以类似矩阵的形式表示GDS文件中的节点,允许在_R_中轻松操作(例如,子集,数学转换)。数据一直保存在磁盘上,直到需要时,这样就可以处理非常大的文件。

作者:刘谦[aut, cre], Martin Morgan [aut], Hervé Pagès [aut],郑秀文[aut]

维护者:Qian Liu

引文(从R内,输入引用(“GDSArray”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("GDSArray")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“GDSArray”)

超文本标记语言 R脚本 GDSArray:将GDS文件表示为类数组对象
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DataRepresentationGenotypingArray基础设施测序软件
版本 1.19.0
在Bioconductor BioC 3.7 (R-3.5)(4.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.5),gdsfmt、方法、BiocGenericsDelayedArray(> = 0.5.32)
进口 工具,S4Vectors(> = 0.17.34),SNPRelateSeqArray
链接
建议 testthatknitr减价rmarkdownBiocStyleBiocManager
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/Bioconductor/GDSArray
BugReports https://github.com/Bioconductor/GDSArray/issues
全靠我
进口我 CNVRangerVariantExperiment
建议我 DelayedDataFrame
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 GDSArray_1.19.0.tar.gz
Windows二进制 GDSArray_1.19.0.zip
macOS二进制文件(x86_64) GDSArray_1.19.0.tgz
macOS二进制文件(arm64) GDSArray_1.19.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GDSArray
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GDSArray
生物包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/GDSArray/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/GDSArray/
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