GDCRNATools

DOI:10.18129 / B9.bioc.GDCRNATools

这是发展GDCRNATools版本;稳定版请参见GDCRNATools．

GDCRNATools:用于GDC中lncRNA、mRNA和miRNA数据综合分析的R/Bioconductor包

Bioconductor版本:开发(3.16)

这是一个易于使用的软件包，用于下载、组织和整合分析GDC中的RNA表达数据，重点是破译癌症中lncRNA-mRNA相关的ceRNA调控网络。该包中包含三个lncRNA-miRNA相互作用数据库(sponescan、starBase、miRcode)和三个mRNA-miRNA相互作用数据库(miRTarBase、starBase、miRcode)用于ceRNAs网络构建。limma、edgeR和DESeq2可用于鉴别差异表达基因/miRNAs。基于clusterProfiler和DO包，可以执行包括GO、KEGG和DO在内的功能丰富分析。多基因的单变量CoxPH和KM生存分析都可以在包中实现。除了一些常规的可视化功能，如火山图、条形图和KM图，还开发了一些简单的闪亮应用程序，以促进在本地网页上的结果可视化。

作者:李瑞东，曲涵，王世波，魏巨龙，张乐，马仁元，卢建明，朱建国，钟伟德，贾振宇

维护人员:李瑞东，曲晗

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("GDCRNATools")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，去，GeneExpression，GeneRegulation，GeneSetEnrichment，GeneTarget，ImmunoOncology，KEGG，网络，NetworkEnrichment，NetworkInference，RNASeq，软件，生存，可视化
版本	1.17.3
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	闪亮的，jsonlite，rjson，XML，limma，刨边机，DESeq2，clusterProfiler，剂量，org.Hs.eg.db，biomaRt，生存，survminer，pathview，ggplot2，gplots，DT，GenomicDataCommons，BiocParallel
链接
建议	knitr，testthat，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	GDCRNATools_1.17.3.tar.gz
Windows二进制	GDCRNATools_1.17.3.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	GDCRNATools_1.17.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GDCRNATools
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GDCRNATools
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GDCRNATools/
软件包下载报告	下载数据