GBScleanR

DOI:10.18129 / B9.bioc.GBScleanR

这是发展GBScleanR版本;稳定版请参见GBScleanR．

用于嘈杂基因分型测序(GBS)数据的错误校正工具

Bioconductor版本:开发(3.17)

GBScleanR是一种基于下一代测序仪(NGS)的基因分型平台的基因型数据的质量检查、过滤和纠错包。GBScleanR采用可变调用格式(VCF)文件作为输入。该包的主要功能是“estGeno()”，它使用隐马尔可夫模型，结合等位基因读数的不均匀观察比，从给定的基因型标记读数计数中估计样本的真实基因型。即使在基因测序分型(GBS)和类似方法(如RADseq)中观察到的嘈杂基因型数据中，这种实现也提供了可靠的基因型估计。目前的方法接受任意一代多亲本杂交的二倍体群体的基因型数据，例如来自近交亲本的双亲本F2，来自非亲本的双亲本F2，以及可以被称为MAGIC群体的8-way重组自交系(8-way RILs)。

作者:古田友之[aut, cre]

维护人员:Tomoyuki Furuta

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("GBScleanR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“GBScleanR”)

超文本标记语言	R脚本	BasicUsageOfGBScleanR.html
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneticVariability，遗传学，HiddenMarkovModel，质量控制，单核苷酸多态性，测序，软件
版本	就开始
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(1年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	SeqArray
进口	统计，效用，方法，ggplot2，tidyr，expm，Rcpp，RcppParallel，gdsfmt
链接	Rcpp，RcppParallel
建议	BiocStyle，testthat(> = 3.0.0),knitr，rmarkdown
SystemRequirements	GNU制作，c++ 11
增强了
URL	https://github.com/tomoyukif/GBScleanR
BugReports	https://github.com/tomoyukif/GBScleanR/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	GBScleanR_1.3.9.tar.gz
Windows二进制	GBScleanR_1.3.9.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	GBScleanR_1.3.9.tgz
macOS二进制文件(arm64)	GBScleanR_1.3.9.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GBScleanR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/GBScleanR
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GBScleanR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/GBScleanR/
软件包下载报告	下载数据