FindMyFriends

DOI:10.18129 / B9.bioc.FindMyFriends

这是发展FindMyFriends版本;稳定的发布版本,请参阅FindMyFriends。

微生物比较基因组学在R

Bioconductor版本:发展(3.14)

框架做微生物比较基因组学在r包的主要目的是协助创建pangenome矩阵来自相关的有机体的基因按相似性分组,以及对这些数据的分析。FindMyFriends提供了许多新方法做pangenome分析和支持一个基因尺度线性分组算法,从而使创造巨大pangenomes可行。

作者:托马斯·彼得森林

维护人员:林托马斯·皮德森< thomasp85 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“FindMyFriends”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“FindMyFriends”)

HTML	R脚本	创建pangenomes使用FindMyFriends
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,ComparativeGenomics,DataRepresentation,GenomicVariation,GraphAndNetwork,SequenceMatching,软件
版本	1.23.0
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(5.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于
进口	方法,BiocGenerics,Biobase、工具、dplyr,IRanges,Biostrings,S4Vectors,烤肉串,igraph,矩阵,消化,filehash,Rcpp,ggplot2,gtable、网格reshape2,ggdendro,BiocParallel跑龙套,统计数据
链接	Rcpp
建议	BiocStyle,testthat,knitr,rmarkdown,reutils
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/thomasp85/FindMyFriends
BugReports	https://github.com/thomasp85/FindMyFriends/issues
取决于我
进口我	PanVizGenerator
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	FindMyFriends_1.23.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)	FindMyFriends_1.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FindMyFriends
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ FindMyFriends
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/FindMyFriends/
包下载报告	下载数据