FindIT2

DOI:10.18129 / B9.bioc.FindIT2

这是发展FindIT2版本;稳定版请参见FindIT2．

基于多组学数据找到有影响力的TF和Target

Bioconductor版本:开发(3.16)

该包实现了基于不同输入类型查找有影响的TF和目标的功能。它有五个模块:多峰多基因注释(mmPeakAnno模块)、计算调控潜能(calcRP模块)、基于ChIP-Seq和RNA-Seq数据查找影响目标(查找影响目标模块)、基于不同输入查找影响TF(查找影响TF模块)、计算峰基因或峰峰相关性(peakGeneCor模块)。还有一些其他有用的功能，比如整合不同的源信息，计算你的TF的jaccard相似性。

作者:关东尚[aut, cre]

维护者:尚关东

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("FindIT2")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“FindIT2”)

超文本标记语言	R脚本	FindIT2简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq，注释，ChIPSeq，GeneRegulation，GeneTarget，MultipleComparison，软件
版本	1.3.3
在Bioconductor	BioC 3.14 (R-4.1)(0.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	GenomicRanges， r (>= 3.5.0)
进口	withr，BiocGenerics，GenomeInfoDb，rtracklayer，S4Vectors，GenomicFeatures，dplyr，rlang，拼接而成，ggplot2，BiocParallel，qvalue，stringr， utils，统计，ggrepel，宠物猫，tidyr，SummarizedExperiment，MultiAssayExperiment，IRanges，进步，purrr，glmnet、方法
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，sessioninfo，testthat(> = 3.0.0),TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart28
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/shangguandong1996/FindIT2
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/FindIT2
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	FindIT2_1.3.3.tar.gz
Windows二进制	FindIT2_1.3.3.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	FindIT2_1.3.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FindIT2
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/FindIT2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/FindIT2/
软件包下载报告	下载数据