弗雷泽

DOI:10.18129 / B9.bioc.FRASER

这是发展弗雷泽版本;稳定版请参见弗雷泽

在RNA-Seq数据中找到罕见的剪接事件

Bioconductor版本:开发(3.16)

在转录组谱中罕见异常剪接事件的检测。读取计数比率期望由一个自动编码器建模,以控制数据中的混杂因素。给定这些期望,假定比值遵循具有结特定色散的β -二项分布。然后将异常事件标识为显著偏离此分布的读计数比率。FRASER能够检测到替代剪接,也能检测内含子保留。该软件包旨在支持罕见疾病领域的诊断,其中执行RNA-seq以识别异常剪接缺陷。

作者:Christian Mertes [aut, cre], Ines Scheller [aut], Vicente Yepez [ctb], Julien Gagneur [aut]

维护者:Christian Mertes < Mertes at in.tum.de>

引文(从R内,输入引用(FRASER)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("FRASER")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes (FRASER)

PDF R脚本 弗雷泽:在RNA-seq数据中发现罕见的剪接even
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews AlternativeSplicing报道遗传学RNASeq测序软件
版本 1.9.0
在Bioconductor BioC 3.11 (R-4.0)(2年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 BiocParalleldata.tableRsamtoolsSummarizedExperiment
进口 AnnotationDbiBBmiscBiobaseBiocGenericsbiomaRtBSgenomecowplotDelayedArray(> = 0.5.11),DelayedMatrixStatsextraDistr泛型GenomeInfoDbGenomicAlignmentsGenomicFeaturesGenomicRangesIRangesgrDevices,ggplot2ggrepelHDF5ArraymatrixStats、方法、先驱者pcaMethodspheatmap情节PRROCRColorBrewerrhdf5RsubreadR.utilsS4Vectors统计数据,宠物猫,工具,utils,VGAM
链接 RcppRcppArmadillo
建议 BiocStyleknitrrmarkdowntestthatcovr, TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19。knownGene, org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/gagneurlab/FRASER
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 FRASER_1.9.0.tar.gz
Windows二进制 FRASER_1.9.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra) FRASER_1.9.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FRASER
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/FRASER
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/FRASER/
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