弗雷泽

DOI:10.18129 / B9.bioc.FRASER

这是发展弗雷泽版本;稳定版请参见弗雷泽．

在RNA-Seq数据中找到罕见的剪接事件

Bioconductor版本:开发(3.16)

在转录组谱中罕见异常剪接事件的检测。读取计数比率期望由一个自动编码器建模，以控制数据中的混杂因素。给定这些期望，假定比值遵循具有结特定色散的β -二项分布。然后将异常事件标识为显著偏离此分布的读计数比率。FRASER能够检测到替代剪接，也能检测内含子保留。该软件包旨在支持罕见疾病领域的诊断，其中执行RNA-seq以识别异常剪接缺陷。

作者:Christian Mertes [aut, cre]， Ines Scheller [aut]， Vicente Yepez [ctb]， Julien Gagneur [aut]

维护者:Christian Mertes < Mertes at in.tum.de>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("FRASER")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes (FRASER)

PDF	R脚本	弗雷泽:在RNA-seq数据中发现罕见的剪接even
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文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	AlternativeSplicing，报道，遗传学，RNASeq，测序，软件
版本	1.9.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	BiocParallel，data.table，Rsamtools，SummarizedExperiment
进口	AnnotationDbi，BBmisc，Biobase，BiocGenerics，biomaRt，BSgenome，cowplot，DelayedArray(> = 0.5.11),DelayedMatrixStats，extraDistr，泛型，GenomeInfoDb，GenomicAlignments，GenomicFeatures，GenomicRanges，IRangesgrDevices,ggplot2，ggrepel，HDF5Array，matrixStats、方法、先驱者，pcaMethods，pheatmap，情节，PRROC，RColorBrewer，rhdf5，Rsubread，R.utils，S4Vectors统计数据,宠物猫，工具，utils，VGAM
链接	Rcpp，RcppArmadillo
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat，covr, TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19。knownGene, org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/gagneurlab/FRASER
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	FRASER_1.9.0.tar.gz
Windows二进制	FRASER_1.9.0.zip(64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	FRASER_1.9.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FRASER
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/FRASER
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/FRASER/
软件包下载报告	下载数据