火焰

DOI:10.18129 / B9.bioc.FLAMES

这是发展版本的火焰;稳定的发布版本,请参阅火焰。

火焰:完整分析突变和拼接的长阅读RNA-seq数据

Bioconductor版本:发展(3.17)

Semi-supervised同种型检测和注释散装和单细胞长的读取RNA-seq数据。火焰为分析亚型,提供自动化管道以及中间功能手册执行。

作者:田Luyi (aut) Voogd奥利弗(aut (cre),舒斯特尔Jakob (aut),王长庆(aut),苏Shian (aut),马修·里奇(施)

维护人员:Voogd奥利弗< Voogd。o在wehi.edu.au >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“火焰”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“火焰”)

HTML	R脚本	火焰
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing,DataImport,DifferentialSplicing,GeneExpression,RNASeq,SingleCell,软件,转录组
版本	1.5.3
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于
进口	蛇怪,bambu,Biostrings,BiocGenerics,circlize,ComplexHeatmap,cowplot,dplyr,DropletUtils,GenomicRanges,GenomicFeatures,GenomeInfoDb,ggplot2,ggbio、网格gridExtra,igraph,jsonlite,magrittr,矩阵平行,网状,Rsamtools,rtracklayer,RColorBrewer,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,嘘,S4Vectors,天窗统计数据,食物,stringr,MultiAssayExperiment,tidyr跑龙套,withr,zlibbioc
链接	Rcpp,Rhtslib,zlibbioc
建议	BiocStyle,GEOquery,knitr,rmarkdown,减价,BiocFileCache,R.utils,ShortRead,uwot,testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements	GNU, c++ 11
增强了
URL	https://github.com/OliverVoogd/FLAMES
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	FLAMES_1.5.3.tar.gz
Windows二进制	FLAMES_1.5.3.zip
macOS二进制(x86_64)	FLAMES_1.5.3.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FLAMES
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/火焰
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/FLAMES/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/FLAMES/
包下载报告	下载数据