盛宴

DOI:10.18129 / B9.bioc.FEAST

这是发展版本的盛宴;稳定的发布版本,请参阅盛宴。

功能粮(宴会)单细胞集群

Bioconductor版本:发展(3.17)

细胞集群是最重要之一,通常执行的任务在单细胞RNA序列(scRNA-seq)数据分析。细胞集群的重要一步是选择一个子集的基因(被称为“特性”),其表达模式将被用于下游集群。一组良好的功能应该包括那些区分不同的细胞类型,和质量这样的设置可以对聚类精度产生重大影响。宴会是一个R库选择最有代表性之前执行scRNA-seq集群的核心特性。它可以用作一个插件首先聚类算法,如SC3 TSCAN,夏普,SIMLR,修。宴会的核心算法包括三个步骤:1。共识聚类;2。能够意义推理;3所示。 validation of an optimized feature set.

作者:许克农Su (aut (cre),吴皓(aut)

维护人员:许克农苏<平锣。苏:emory.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“盛宴”)

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文档

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HTML	R脚本	宴会的用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,FeatureExtraction,测序,SingleCell,软件
版本	1.7.0
Bioconductor自	BioC 3.13 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 4.1),mclust,BiocParallel,SummarizedExperiment
进口	SingleCellExperiment、方法、统计跑龙套,irlba,TSCAN,SC3,matrixStats
链接
建议	rmarkdown,修拉,ggpubr,knitr,testthat(> = 3.0.0),BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/suke18/FEAST/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	FEAST_1.7.0.tar.gz
Windows二进制	FEAST_1.7.0.zip
macOS二进制(x86_64)	FEAST_1.7.0.tgz
macOS二进制(arm64)	FEAST_1.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FEAST
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/盛宴
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/FEAST/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/FEAST/
包下载报告	下载数据