ExperimentHub
DOI:
10.18129 / B9.bioc.ExperimentHub
这是发展ExperimentHub版本;稳定的发布版本,请参阅ExperimentHub。
客户端访问ExperimentHub资源
Bioconductor版本:发展(3.16)
这个包提供了一个客户Bioconductor ExperimentHub web资源。ExperimentHub策划提供了一个中央位置的数据实验,出版物或培训课程可以访问。每个资源都有关联的元数据,标记和修改日期。客户端创建并管理一个本地缓存的文件检索允许快速和可再生的访问。
作者:Bioconductor包维护者(cre),马丁•摩根(aut)马克·卡尔森(施),丹特南鲍姆(施),Sonali Arora[所有],瓦莱丽Oberchain[所有],凯拉莫雷尔[所有],Lori牧羊人(aut)
维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >
从内部引用(R,回车引用(“ExperimentHub”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“ExperimentHub”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“ExperimentHub”)
| HTML |
R脚本 |
ExperimentHub: ExperimentHub Web服务的访问 |
| PDF |
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参考手册 |
| 文本 |
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新闻 |
细节
| biocViews |
DataImport,GUI,基础设施,软件,ThirdPartyClient |
| 版本 |
2.5.0 |
| Bioconductor自 |
BioC 3.4 (r - 3.3)(5.5年) |
| 许可证 |
艺术- 2.0 |
| 取决于 |
方法,BiocGenerics(> = 0.15.10),AnnotationHub(> = 3.3.6),BiocFileCache(> = 1.5.1) |
| 进口 |
跑龙套,S4Vectors,BiocManager,旋度,rappdirs |
| 链接 |
|
| 建议 |
knitr,BiocStyle,rmarkdown,HubPub |
| SystemRequirements |
|
| 增强了 |
ExperimentHubData |
| URL |
|
| BugReports |
https://github.com/Bioconductor/ExperimentHub/issues |
| 取决于我 |
adductomicsR,alpineData,BeadSorted.Saliva.EPIC,benchmarkfdrData2019,biscuiteerData,bodymapRat,CellMapperData,clustifyrdatahub,crisprScoreData,curatedAdipoChIP,DMRcatedata,EpiMix.data,ewceData,FlowSorted.Blood.EPIC,FlowSorted.CordBloodCombined.450k,HDCytoData,HighlyReplicatedRNASeq,HumanAffyData,LRcell,mcsurvdata,MetaGxBreast,MetaGxOvarian,MetaGxPancreas,muscData,NanoporeRNASeq,NestLink,nullrangesData,ObMiTi,restfulSEData,RNAmodR.Data,SCATEData,scpdata,SeqSQC,sesameData,SimBenchData,spatialDmelxsim,STexampleData,鞑靼,TENxVisiumData,VectraPolarisData |
| 进口我 |
adductData,BioImageDbs,BloodGen3Module,celldex,chipseqDBData,CLLmethylation,coMethDMR,CopyNeutralIMA,curatedMetagenomicData,curatedTBData,curatedTCGAData,depmap,DMRcate,DropletTestFiles,DuoClustering2018,easierData,emtdata,ENmix,EpiMix,ExperimentHubData,FieldEffectCrc,GenomicDistributionsData,GSEABenchmarkeR,HarmonizedTCGAData,HCAData,HMP16SData,HMP2Data,imcdatasets,LRcellTypeMarkers,m6Aboost,MACSr,MethReg,methylclock,methylclockData,MethylSeqData,microbiomeDataSets,MouseGastrulationData,MouseThymusAgeing,msigdb,NxtIRFdata,PhyloProfile,PhyloProfileData,preciseTADhub,pwrEWAS.data,restfulSE,RLHub,scRNAseq,signatureSearch,signatureSearchData,SingleCellMultiModal,singleCellTK,SingleMoleculeFootprintingData,spatialLIBD,TabulaMurisData,TabulaMurisSenisData,TENxBrainData,TENxBUSData,TENxPBMCData,肺结核,xcoredata |
| 建议我 |
曾帮工,AnnotationHub,bambu,BioPlex,BioPlex,celaref,celarefData,CellMapper,curatedAdipoArray,DEqMS,埃尔默,epimutacions,epimutacionsData,genomicInstability,GSE103322,GSE13015,GSE159526,GSE62944,HDF5Array,metavizr,missMethyl,MsBackendRawFileReader,马斯喀特,quantiseqr,rawrr,recountmethylation,SingleMoleculeFootprinting,关注的焦点,standR,TCGAbiolinks,tissueTreg,xcore |
| 我的链接 |
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| 构建报告 |
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包档案
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指示在R会话中使用这个包。
