ExCluster

DOI:10.18129 / B9.bioc.ExCluster

这是发展ExCluster版本;稳定的发布版本,请参阅ExCluster。

ExCluster强劲检测差异表达之间的外显子RNA-seq数据的两个条件,要求至少两个独立的生物复制/条件

Bioconductor版本:发展(3.17)

ExCluster趋于平缓运用和GENCODE GTF文件到人造石铺地面文件,用于计算读取/重叠外显子本从BAM文件。这读计数使用函数featureCounts Rsubread的包。所有生物复制库大小归一化,然后ExCluster比较两个不同的条件来检测右派不同拼接基因。这个过程至少需要两个独立的生物repliates每条件和ExCluster只接受两个条件。ExCluster最终产生错误发现率(罗斯福)基因,用于检测的意义。外显子log2褶皱变化log2FC均值和方差可能策划对于每一个显著差异的基因,这有助于科学家开发的假设和目标微分剪接事件RT-qPCR湿实验室验证。

作者:r·马修·坦纳威廉·l·斯坦福和西奥多·j·珀金斯

维护人员:r·马修·坦纳< rtann038在uottawa.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“ExCluster”)

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文档

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PDF	R脚本	ExCluster装饰图案
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文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialSplicing,ImmunoOncology,RNASeq,软件
版本	1.17.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4年)
许可证	GPL-3
取决于	Rsubread,GenomicRanges,rtracklayer,matrixStats,IRanges
进口	属性、方法、grDevices图形,跑龙套
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ExCluster_1.17.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)	ExCluster_1.17.0.tgz
macOS二进制(arm64)	ExCluster_1.17.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ExCluster
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ExCluster
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ExCluster/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ExCluster/
包下载报告	下载数据