EventPointer

DOI:10.18129 / B9.bioc.EventPointer

这是发展EventPointer版本;稳定的发布版本,请参阅EventPointer。

可变剪接事件使用结阵列的有效识别和RNA-Seq数据

Bioconductor版本:发展(3.16)

EventPointer R包来确定可变剪接事件,涉及简单的(病例对照试验)或复杂的实验设计等课程的实验和研究包括成对样品。该算法可以用来分析数据从结阵列(Affymetrix数组)或(RNA-Seq)测序数据。检测到的软件返回data.frame可变剪接事件:基因名称、类型的事件(磁带,替代3 ',…,等等),基因位置,拼接百分比的统计意义和增量(δPSI)的所有事件。该算法可以生成一系列文件发现可变剪接事件IGV形象化。这简化了解释结果和标准PCR引物的设计验证。

作者:胡安-帕布鲁罗梅罗(aut),胡安·a·Ferrer-Bonsoms (aut (cre),巴勃罗教堂司事(aut),还Muniategui (aut),费尔南多Carazo (aut),还Aramburu (aut),天使卢比奥(aut)

维护人员:胡安·a·Ferrer-Bonsoms < jafhernandez在tecnun.es >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“EventPointer”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“EventPointer”)

HTML	R脚本	EventPointer
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	AlternativeSplicing,DifferentialSplicing,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,TimeCourse,转录,mRNAMicroarray
版本	3.5.1
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),SGSeq,矩阵,SummarizedExperiment
进口	GenomicFeatures,stringr,GenomeInfoDb,igraph,质量,nnls,limma,matrixStats,RBGL,prodlim,图统计数据、方法、跑龙套,doParallel,foreach,affxparser,GenomicRanges,S4Vectors,IRanges,qvalue,玉米穗轴,rhdf5,BSgenome,Biostrings,glmnet,abind,迭代器,lpSolve,poibin,speedglm,tximport,fgsea
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocStyle,RUnit,BiocGenerics,dplyr,kableExtra
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/jpromeror/EventPointer/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	EventPointer_3.5.1.tar.gz
Windows二进制	EventPointer_3.5.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	EventPointer_3.5.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EventPointer
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ EventPointer
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/EventPointer/
包下载报告	下载数据