Epimix

doi：10.18129/b9.bioc.epimix

这是发展Epimix的版本；要使用它，请安装Devel版本生物导体。

Epimix：用于DNA甲基化种群级分析的综合工具

生物导体版本：开发（3.16）

Epimix是对高通量DNA甲基化数据和基因表达数据进行整合分析的综合工具。EPIMIX启用自动数据下载（来自TCGA或GEO），预处理，甲基化建模，交互式可视化和功能注释。识别跨生理或病理条件的低甲基化的CPG位点，Epimix使用Beta混合物来识别每种甲基化模型CpG探针并比较实验组的甲基化与对照组。Epimix的输出是可预测基因表达的功能性DNA甲基化。Epimix结合了专门的算法，以鉴定各种遗传元素的功能性DNA甲基化，包括蛋白质编码基因的近端顺式调节元件，远端增强子以及编码microRNAS和LNCRNA的基因。

作者：Yuanning Zheng [AUT，CRE]，John Jun [Aut]，Olivier Gevaert [aut]

维护者：Yuanning Zheng

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ epimix”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Epimix”）

html	R脚本	小插图
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	DNAMETHYLATY，，，，差甲基化，，，，表观遗传学，，，，基因表达，，，，预处理，，，，软件
版本	0.99.16
在生物导体中	Bioc 3.16（R-4.2）
执照	GPL-3
要看	r（> = 4.2.0），epimix.data（> = 0.99.2）
进口	AnnotationHub，，，，AnnotationDbi，，，，生物酶，，，，Biomart，，，，Data.Table，，，，多帕尔，，，，Dosnow，，，，下载器，，，，dplyr，，，，Elmer.Data，，，，实验室，，，，foreach，，，，GenomeInfodB，，，，GenomicFeatures，，，，基因组机，，，，地球，，，，GGPLOT2，图形，grdevices，算，，，，iranges，，，，林玛，方法，并行，plyr，，，，进步，，，，r.matlab，，，，rcolorbrewer，，，，rcurl，，，，rlang，，，，rpmm，，，，S4VECTORS，统计总结性特征，，，，蒂布尔，，，，花花公子，UTILS
链接
建议	生物使用，，，，clusterProfiler，，，，核粒子，，，，尼特，，，，org.hs.eg.db，，，，区域人，，，，Seurat，，，，生存，，，，幸存者，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，运行，，，，生物基因
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/gevaertlab/epimix/issues
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构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	epimix_0.99.16.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）	epimix_0.99.16.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/epimix
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/epimix
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/epimix/
软件包下载报告	下载统计