EpiDISH

DOI:10.18129 / B9.bioc.EpiDISH

这是发展EpiDISH版本;稳定版请参见EpiDISH．

样本内异质性的表观遗传学解剖

Bioconductor版本:开发(3.17)

EpiDISH是一个R包，用于推断样本中存在的先验已知细胞类型的比例，表示这些细胞类型的混合物。目前，该软件包可用于全血、一般上皮组织和乳腺组织的DNAm数据。此外，该软件包还提供了一种功能，可以在表观基因组关联研究中识别不同甲基化的细胞类型及其变化方向。

作者:Andrew E. Teschendorff [aut]，郑世杰[aut, cre]

维护人员:Shijie C. Zheng

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("EpiDISH")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“EpiDISH”)

超文本标记语言	R脚本	样本内异质性的表观遗传学解剖
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，DifferentialMethylation，表观遗传学，ImmunoOncology，MethylationArray，软件
版本	2.15.1
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 4.1)
进口	质量，e1071，quadprog，平行，统计，matrixStats，stringr，locfdr，矩阵
链接
建议	roxygen2，GEOquery，BiocStyle，knitr，rmarkdown，Biobase，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/sjczheng/EpiDISH
BugReports	https://github.com/sjczheng/EpiDISH/issues
全靠我	烤面包
进口我
建议我	FlowSorted.Blood.EPIC，地球
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	EpiDISH_2.15.1.tar.gz
Windows二进制	EpiDISH_2.15.1.zip
macOS二进制文件(x86_64)	EpiDISH_2.15.1.tgz
macOS二进制文件(arm64)	EpiDISH_2.15.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EpiDISH
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/EpiDISH
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/EpiDISH/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/EpiDISH/
软件包下载报告	下载数据