EpiCompare

DOI:10.18129 / B9.bioc.EpiCompare

这是发展EpiCompare版本;稳定的发布版本,请参阅EpiCompare。

表观遗传数据集的比较,基准测试和质量控制

Bioconductor版本:发展(3.16)

EpiCompare比较和分析表观遗传数据集用于质量控制和基准测试的目的。包输出HTML报告包括三个部分:(1)。一般指标)指标的峰值(黑名单的比例和非标准峰,峰宽度)和片段(重复率)的样本,(2。峰重叠)百分比和统计学意义重叠,重叠峰。还包括打乱情节和(3。功能注释)功能注释(ChromHMM ChIPseeker和富集分析)的峰值。还包括峰值TSS浓缩。

作者:血清崔(aut (cre)布莱恩席尔德(aut)艾伦·墨菲(aut),内森斯基恩(aut)

维护人员:血清崔< serachoi1230 gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“EpiCompare”)

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文档

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HTML	R脚本	EpiCompare
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文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq,ChIPSeq,DNaseSeq,表观遗传学,FunctionalGenomics,遗传学,MultipleComparison,质量控制,软件
版本	1.1.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(< 6个月)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1.0)
进口	GenomicRanges,genomation,IRanges,reshape2,ggplot2,ChIPseeker,BRGenomics,clusterProfiler,情节,stringr,dplyr,tidyr,UpSetR,rmarkdown,rtracklayer,AnnotationHub跑龙套,统计方法,org.Hs.eg.db,S4Vectors,magrittr,plyranges
链接
建议	testthat(> = 3.0.0),獾,knitr,htmlwidgets,BiocStyle,data.table,BiocParallel,BiocFileCache,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/neurogenomics/EpiCompare
BugReports	https://github.com/neurogenomics/EpiCompare/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	EpiCompare_1.1.0.tar.gz
Windows二进制	EpiCompare_1.1.0.zip(64位)
macOS 10.13(高山脉)	EpiCompare_1.1.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EpiCompare
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ EpiCompare
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/EpiCompare/
包下载报告	下载数据