埃尔默

DOI:10.18129 / B9.bioc.ELMER

这是发展ELMER版本;稳定版请参见埃尔默．

利用癌症甲基化组推断调控元件格局和转录因子网络

Bioconductor版本:开发(3.14)

ELMER旨在利用来自大量样本的DNA甲基化和基因表达来推断原代组织中的调控元件格局和转录因子网络。

作者:Tiago Chedraoui Silva [aut, cre]，姚丽静[aut]， Simon Coetzee [aut]， Nicole Gull [ctb]，沈晖[ctb]， Peter Laird [ctb]， Peggy Farnham [aut]，李德琛[ctb]， Benjamin Berman [aut]

维护者:Tiago Chedraoui Silva

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("ELMER")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes (ELMER)

超文本标记语言	R脚本	1 - ELMER v.2:一个R/Bioconductor包从DNA甲基化和转录组谱重建基因调控网络
超文本标记语言	R脚本	ELMER:用例
超文本标记语言	R脚本	2 -简介:输入数据
超文本标记语言	R脚本	3.1 -数据输入-创建MAE对象
超文本标记语言	R脚本	3.2 -鉴别差异甲基化探针
超文本标记语言	R脚本	3.3 -鉴定假定的探针基因对
超文本标记语言	R脚本	3.4 -所选探针的Motif富集分析
超文本标记语言	R脚本	3.5 -识别监管tf
超文本标记语言	R脚本	3.6 - tcga。pipe:紧凑地运行TCGA数据的ELMER
超文本标记语言	R脚本	4.1 -散点图
超文本标记语言	R脚本	4.2 -示意图
超文本标记语言	R脚本	4.3 - Motif富集图
超文本标记语言	R脚本	4.4 -调节TF图
超文本标记语言	R脚本	4.5 -热图图
超文本标记语言	R脚本	5 -集成分析车间与TCGAbiolinks和ELMER -分析GUI
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文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，GeneExpression，GeneRegulation，MotifAnnotation，网络，软件，转录
版本	2.17.0
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(5.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.4.0)，ELMER.data(> = 2.9.3)
进口	GenomicRanges，ggplot2，重塑，网格，grDevices，图形，方法，并行，统计，utils，IRanges，GenomeInfoDb，S4Vectors，GenomicFeatures，TCGAbiolinks(> = 2.9.2),plyr，矩阵，dplyr，Gviz，ComplexHeatmap，circlize，MultiAssayExperiment，SummarizedExperiment，biomaRt，doParallel，下载器，ggrepel，晶格，magrittr，readr，尺度，房车，xml2，情节，gridExtra，rmarkdown，stringr，宠物猫，tidyr，进步，purrr，reshape2，ggpubr，rtracklayer，DelayedArray
链接
建议	BiocStyle，knitr，testthat，data.table，DT，GenomicInteractions，webshot，R.utils，covr，sesameData
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	TCGAbiolinksGUI，TCGAWorkflow
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ELMER_2.17.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	ELMER_2.17.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ELMER
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ELMER
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ELMER/
软件包下载报告	下载数据