EDASeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.EDASeq

这是发展EDASeq版本;稳定的发布版本请参见EDASeq。

RNA-Seq的探索性数据分析和标准化

生物导体版本:开发(3.14)

RNA-Seq读取数据的数字和图形摘要。车道内归一化程序用于调整gc含量对读取计数的影响(或其他基因水平的影响):黄土稳健局部回归、全球尺度和全分位数归一化(Risso et al.， 2011)。车道间标准化程序用于调整车道间的分布差异(例如，排序深度):全局尺度和全分位数标准化(Bullard等人，2010)。

作者:Davide Risso [aut, cre, cph]， Sandrine Dudoit [aut]， Ludwig Geistlinger [ctb]

维护者:Davide Risso < Risso。大卫。gmail.com >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("EDASeq")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“EDASeq”)

超文本标记语言	R脚本	EDASeq装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,ImmunoOncology,预处理,质量控制,RNASeq,测序,软件
版本	2.27.0
Bioconductor自	BioC 2.9 (R-2.14)(9.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	Biobase(> = 2.15.1),ShortRead(> = 1.11.42)
进口	方法、图形BiocGenerics,IRanges(> = 1.13.9),aroma.light,Rsamtools(> = 1.5.75),biomaRt,Biostrings,AnnotationDbi,GenomicFeatures,GenomicRanges,BiocManager
链接
建议	BiocStyle,knitryeastRNASeq leeBamViews,刨边机,KernSmooth,testthat,DESeq2
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/drisso/EDASeq
BugReports	https://github.com/drisso/EDASeq/issues
取决于我	RUVSeq
进口我	consensusDE,DaMiRseq,metaseqR2,ribosomeProfilingQC
建议我	awst,bigPint,DEScan2,easyreporting,HTSFilter,TCGAbiolinks
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	EDASeq_2.27.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	EDASeq_2.27.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/EDASeq
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ EDASeq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/EDASeq/
包下载报告	下载数据