液滴

doi：10.18129/b9.bioc.dropletutils

这是发展液滴的版本；对于稳定版本，请参阅液滴。

处理单细胞液滴数据的实用程序

生物导体版本：开发（3.16）

从液滴技术（例如10X基因组学）中处理单细胞（RNA-SEQ）数据提供了许多实用功能。这包括来自计数矩阵或分子信息文件的数据加载，从空液滴中识别单元格，去除条形码折叠的伪细胞以及计数矩阵的降采样。

作者：Aaron Lun [Aut]，Jonathan Griffiths [CTB，CRE]，Davis McCarthy [CTB]，Dongze He [CTB]，Rob Patro [CTB]

维护者：乔纳森·格里菲斯（Jonathan Griffiths）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ propletletutils”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“液滴”）

html	R脚本	用于处理基于液滴的单细胞RNA-seq数据的实用程序
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	覆盖范围，，，，DataImport，，，，基因表达，，，，免疫学，，，，rnaseq，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件，，，，转录组学
版本	1.17.1
在生物导体中	Bioc 3.7（R-3.5）（4。5年）
执照	GPL-3
要看	Singlecellexperiment
进口	UTIT，统计，方法，矩阵，，，，RCPP，，，，生物基因，，，，S4VECTORS，，，，iranges，，，，基因组机，，，，总结性特征，，，，生物比较，，，，延迟，，，，延迟的matrixstats，，，，HDF5Array，，，，RHDF5，，，，EDGER，，，，r.utils，，，，dqrng，，，，beachmat，，，，砍伐
链接	RCPP，，，，beachmat，，，，Rhdf5lib，，，，BH，，，，dqrng，，，，砍伐
建议	测试，，，，尼特，，，，生物使用，，，，rmarkDown，，，，jsonlite，，，，droplettestfiles
系统要求	C ++ 11，GNU制作
增强
URL
取决于我	奥斯卡。
进口我	SCCB2，，，，Singlecelltk，，，，西班牙猎狗，，，，Spatiaxlexperiment
建议我	droplettestfiles，，，，mumosa，，，，muscdata，，，，星云
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	dropletutils_1.17.1.tar.gz
Windows二进制	dropletutils_1.17.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	Lopletutils_1.17.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dropletutils
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/滴虫
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/dropletutils/
软件包下载报告	下载统计