DiscoRhythm

DOI:10.18129 / B9.bioc.DiscoRhythm

这是发展DiscoRhythm版本;稳定的发布版本,请参阅DiscoRhythm。

交互式工作流发现韵律性的生物数据

Bioconductor版本:发展(3.18)

组函数估计的周期性特征,如周期、阶段,振幅和统计学意义大时态数据集。支持功能可用于质量控制、降维、光谱分析,分析实验复制。包含一个R闪亮的web界面来执行所有工作流步骤。

作者:马修·卡卢奇(aut (cre) Algimantas Kriščiūnas (aut) Haohan李(aut) Povilas Gibas (aut) Karolis Koncevičius (aut) (aut)阿特•帕乔尼丝,加布里埃尔哦(aut)

维护人员:马修·卡卢奇<马太福音。卡卢奇在camh.ca >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“DiscoRhythm”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“DiscoRhythm”)

HTML	R脚本	介绍DiscoRhythm
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GUI,PrincipalComponent,质量控制,软件,TimeCourse,可视化
版本	1.17.0
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(4年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	matrixTests、matrixStats MetaCycle(> = 1.2.0)数据。表、ggplot2 ggExtra dplyr,扫帚,闪亮,shinyBS, shinycssloaders, shinydashboard, shinyjs,BiocStyle魔法,knitr rmarkdown kableExtra,文氏图,UpSetR,热图,冬青,阴谋,DT, gridExtra,方法,属性,SummarizedExperiment,BiocGenerics,S4Vectors、邮政、reshape2
链接
建议	testthat
SystemRequirements	生成html报告pandoc (http://pandoc.org/installing.html)是必需的。
增强了
URL	https://github.com/matthewcarlucci/DiscoRhythm
BugReports	https://github.com/matthewcarlucci/DiscoRhythm/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DiscoRhythm_1.17.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制(x86_64)
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DiscoRhythm
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DiscoRhythm
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/DiscoRhythm/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DiscoRhythm/
包下载报告	下载数据