恐龙

doi：10.18129/b9.bioc.dino

这是发展Dino的版本；对于稳定版本，请参阅恐龙。

单细胞mRNA测序数据的归一化

生物导体版本：开发（3.16）

Dino在下游分析之前将单细胞测序数据归一化，以纠正技术变化，尤其是测序深度。该方法产生一个校正表达的矩阵，为测序深度与归一化表达的完整分布之间的依赖性；许多现有方法旨在仅消除测序深度和归一化表达式平均值之间的依赖性。这特别是在高度稀疏的数据集的背景下，例如由10倍基因组学和其他基于UNINQUE分子标识符（UMI）的微流体方案制作的数据集，其原始表达数据中的零在原始表达数据中的深度依赖性比例可以呈现挑战。

作者：Jared Brown [AUT，CRE]，克里斯蒂娜·肯德斯基（Christina Kendziorski）[CTB]

维护者：Jared Brown

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（decon ='devel'）biocmanager :: install（“ dino”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Dino”）

html	R脚本	通过分布重新采样高吞吐量单细胞RNA-revering数据来归一化
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	蜂窝基，，，，基因表达，，，，正常化，，，，rnaseq，，，，回归，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件，，，，转录组学
版本	1.3.1
在生物导体中	Bioc 3.14（R-4.1）（1年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 4.0.0）
进口	生物比较，，，，生物兴奋，，，，总结性特征，，，，Singlecellexperiment，，，，S4VECTORS，，，，矩阵，，，，Seurat，，，，矩阵， 平行，斯克兰，grdevices，统计，方法
链接
建议	测试（> = 2.1.0），尼特，，，，rmarkDown，，，，生物使用，，，，DevTools，，，，GGPLOT2，，，，栅格，，，，ggpubr， 网格，魔术，，，，Hexbin
系统要求
增强
URL	https://github.com/jbrownbiostat/dino
BugReports	https://github.com/jbrownbiostat/dino/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Dino_1.3.1.tar.gz
Windows二进制	dino_1.3.1.zip
MacOS 10.13（高山脉）	Dino_1.3.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dino
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/恐龙
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/dino/
软件包下载报告	下载统计