差异

doi：10.18129/b9.bioc.diffbind

这是发展差异的版本；对于稳定版本，请参阅差异。

CHIP-SEQ峰数据的差异结合分析

生物导体版本：开发（3.16）

使用亲和力（定量）数据从多个CHIP-SEQ实验中计算差异结合的位点。还可以实现占用（重叠）分析和绘制功能。

作者：Rory Stark [AUT，CRE]，Gord Brown [AUT]

维护者：Rory Stark

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ diffbind”）的用法

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ diffbind”）

PDF	R脚本	差异：CHIP-SEQ峰数据的差异结合分析
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	Atacseq，，，，生物医学信息学，，，，细胞生物学，，，，chipseq，，，，DNASESEQ，，，，差甲基化，，，，差异词，，，，表观遗传学，，，，功能基因组学，，，，结肠管制，，，，历史化，，，，甲基，，，，多重组合，，，，正常化，，，，峰值探测，，，，Ripseq，，，，报告写作，，，，测序，，，，软件
版本	3.7.1
在生物导体中	Bioc 2.9（R-2.14）（10。5年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 4.0），基因组机，，，，总结性特征
进口	rcolorbrewer，，，，一张地图，，，，GPLOTS，grdevices，林玛，，，，基因组签名，，，，Locfit，统计，utils，iranges，，，，格子，，，，Systempiper， 工具，RCPP，，，，dplyr，，，，GGPLOT2，，，，生物比较， 平行，S4VECTORS，，，，rsamtools（> = 2.13.1），deseq2，方法，图形，Ggrepel，，，，apeglm，，，，阿什，，，，Greylistchip
链接	Rhtslib（> = 1.99.1），RCPP
建议	生物使用，，，，测试，，，，Xtable
系统要求	gnu做
增强	RGL，，，，XLCONNECT，，，，EDGER，，，，CSAW，，，，BSGENOME，，，，GenomeInfodB，，，，profileplyr，，，，rtracklayer， 网格
URL	https://www.cruk.cam.ac.uk/core-facilities/bioinformatics-core/software/diffbind
取决于我	chipqc，，，，瓦肯
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	diffbind_3.7.1.tar.gz
Windows二进制	diffbind_3.7.1.zip
MacOS 10.13（高山脉）	diffbind_3.7.1.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/diffbind
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/diffbind
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/diffbind/
软件包下载报告	下载统计