DaMiRseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.DaMiRseq

这是发展DaMiRseq版本;稳定的发布版本,请参阅DaMiRseq。

数据挖掘RNA-seq数据:归一化、特征选择和分类

Bioconductor版本:发展(3.17)

DaMiRseq包提供了一个整洁的管道数据挖掘过程的识别转录生物标记物,利用二进制和多层次分类的目的。包接受任何类型的数据作为原始计数表,允许包括连续和阶乘发生与实验设置的变量。一系列的功能让用户清理过滤基因组特征和样本数据,调整数据通过识别和消除不必要的变异来源(即批次和混杂因素)和选择最好的预测建模。最后,整体学习“叠加”技术应用于构建一个健壮的分类模型。每一步都包含一个检查点,用户可以利用评估数据管理的影响,通过观察诊断情节,如集群和热图、RLE箱线图,MDS或者相关情节。

作者:Mattia Chiesa < Mattia。在cardiologicomonzino基。>,卢卡Piacentini <卢卡。在cardiologicomonzino.it piacentini >

维护人员:Mattia Chiesa < Mattia。基在cardiologicomonzino.it >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“DaMiRseq”)

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文档

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PDF	R脚本	数据挖掘RNA-seq数据:归一化、特征选择和分类——DaMiRseq包
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文本		新闻

细节

biocViews	分类,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件
版本	2.11.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (r - 3.4)(5.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.5.0),SummarizedExperiment,ggplot2
进口	DESeq2,limma,EDASeq,RColorBrewer,股东价值分析,Hmisc,pheatmap,FactoMineR,corrplot,randomForest,e1071,脱字符号,质量,lubridate,plsVarSel,kknn,FSelector、方法、统计跑龙套、图形grDevices,reshape2,ineq,手臂,请,RSNNS,刨边机,plyr
链接
建议	BiocStyle,knitr,testthat
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我	空对空导弹
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DaMiRseq_2.11.0.tar.gz
Windows二进制	DaMiRseq_2.11.0.zip
macOS二进制(x86_64)	DaMiRseq_2.11.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DaMiRseq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DaMiRseq
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/DaMiRseq/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DaMiRseq/
包下载报告	下载数据