DNAfusion

DOI:10.18129 / B9.bioc.DNAfusion

这是发展DNAfusion版本;稳定的发布版本,请参阅DNAfusion。

使用paired-end测序鉴定的基因融合

Bioconductor版本:发展(3.18)

DNAfusion可以根据paired-end识别融合,如针对有eml4 - alk基因测序结果。这个包是使用位置删除处理BAM文件生成AVENIO肿瘤学分析软件。这些文件是由使用AVENIO ctDNA监测设备和Illumina公司Nextseq 500测序。这是一种有针对性的杂交挥动的方法,包括ALK-specific但不是EML4-specific探针。

作者:christof特里尔Maansson (aut (cre),艾玛·罗杰·安德森(施,牧师),Maiken Parm Ulhoi (dtc),彼得Meldgaard (dtc),英国央行Sandahl索伦森(牧师,曾经)

维护人员:christof特里尔Maansson <中医在clin.au.dk >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“DNAfusion”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“DNAfusion”)

HTML	R脚本	介绍DNAfusion
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneFusionDetection,遗传学,测序,软件,TargetedResequencing
版本	1.3.0
Bioconductor自	BioC 3.16 (r - 4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	bamsignals,GenomicRanges,IRanges,Rsamtools,GenomicAlignments,BiocBaseUtils,S4Vectors,GenomicFeatures,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,BiocGenerics
链接
建议	knitr、rmarkdown testthat sessioninfo,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/CTrierMaansson/DNAfusion
BugReports	https://github.com/CTrierMaansson/DNAfusion/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DNAfusion_1.3.0.tar.gz
Windows二进制	DNAfusion_1.3.0.zip
macOS二进制(x86_64)	DNAfusion_1.3.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DNAfusion
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DNAfusion
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/DNAfusion/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DNAfusion/
包下载报告	下载数据