DNABarcodeCompatibility

DOI:10.18129 / B9.bioc.DNABarcodeCompatibility

这是发展dnabarcodecomcompatibility版本;稳定版请参见DNABarcodeCompatibility

下一代测序平台上用于多路复用实验的DNA条形码组合优化工具

Bioconductor版本:开发(3.16)

该软件包允许人们获得用于多重测序的DNA条形码的优化组合。在每个条形码组合中,条形码根据Illumina化学约束进行汇集。可以对组合进行筛选,以保持那些对替换和插入/删除错误具有健壮性的组合,从而促进解复用步骤。此外,该包还提供了一个优化器功能,以进一步支持在条形码使用中以最小的异质性选择条形码组合。

作者:Céline Trébeau [cre],雅克·布特·德·蒙维尔[au],黄俊泰[ctb], Raphaël Etournay [aut]

维护:Céline Trébeau

引文(从R内,输入引用(“DNABarcodeCompatibility”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("DNABarcodeCompatibility")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“DNABarcodeCompatibility”)

超文本标记语言 R脚本 dnabarcodecomcompatibility简介
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 预处理测序软件
版本 1.13.0
在Bioconductor BioC 3.9 (R-3.6)(3年)
许可证 文件许可证
取决于 R (>= 3.6.0)
进口 dplyrtidyr数字purrrstringrDNABarcodes,统计,utils,方法
链接
建议 knitrrmarkdownBiocStyletestthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/comoto-pasteur-fr/DNABarcodeCompatibility/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 DNABarcodeCompatibility_1.13.0.tar.gz
Windows二进制 DNABarcodeCompatibility_1.13.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) DNABarcodeCompatibility_1.13.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DNABarcodeCompatibility
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ dnabarcodecomcompatibility
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/DNABarcodeCompatibility/
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