DMRforPairs

DOI:10.18129 / B9.bioc.DMRforPairs

这是发展DMRforPairs版本;稳定版请参见DMRforPairs．

DMRforPairs:使用基于甲基化轮廓的阵列识别独特样品之间的差异甲基化区域

Bioconductor版本:开发(3.17)

DMRforPairs(以前的DMR2+)允许研究人员比较n>=2个不同样本的甲基化情况。对n个单一样本的(成对)比较将DMRforPairs与其他现有管道区别开来，因为这些管道通常比较单个CpG位点或基于区域的分析中的样本组。DMRforPairs将感兴趣的区域定义为具有足够探针且彼此接近的基因组范围。一个区域中的探测可以选择性地标注到相同的函数类。差异甲基化是通过比较个体样本和(如果差异足够大)之间每个区域内的甲基化值来评估的，正式测试这种差异的统计显著性。

作者:Martin Rijlaarsdam [aut, cre]， Yvonne vd Zwan [aut]， Lambert Dorssers [aut]， Leendert Looijenga [aut]

维护者:Martin Rijlaarsdam

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("DMRforPairs")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“DMRforPairs”)

PDF	R脚本	DMRforPairs_vignette
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，DNAMethylation，DifferentialMethylation，微阵列，ReportWriting，软件，可视化
版本	1.35.0
在Bioconductor	BioC 2.14 (R-3.1)(9年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 2.15.2)，Gviz(> = 1.2.1),R2HTML(> = 2.2.1),GenomicRanges(>= 1.10.7)，平行
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增强了
URL	http://www.martinrijlaarsdam.nlhttp://www.erasmusmc.nl/pathologie/research/lepo/3898639/
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	DMRforPairs_1.35.0.tar.gz
Windows二进制	DMRforPairs_1.35.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	DMRforPairs_1.35.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	DMRforPairs_1.35.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DMRforPairs
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DMRforPairs
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/DMRforPairs/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DMRforPairs/
软件包下载报告	下载数据