DMCFB

DOI:10.18129 / B9.bioc.DMCFB

这是发展DMCFB版本;稳定版请参见DMCFB．

基于贝叶斯功能方法的差异甲基化胞嘧啶

Bioconductor版本:开发(3.17)

DMCFB是一种在亚硫酸氢盐测序数据中使用贝叶斯功能回归模型识别差异甲基化胞嘧啶的管道。通过使用函数回归数据模型，它试图捕获特定位置、特定群体和其他特定协变量的甲基化模式，以及空间相关模式和未知的甲基化数据的潜在模型。对于真正的底层模型和任何协变量的包含，它是稳健和灵活的，并且使用位置和样本之间的空间相关性来估算缺失值。该方法采用贝叶斯方法进行估计和推理。

作者:Farhad Shokoohi [aut, cre]

维护者:Farhad Shokoohi < Shokoohi at icloud.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("DMCFB")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“DMCFB”)

超文本标记语言	R脚本	在BS-Seq数据中使用贝叶斯函数回归识别dmc
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文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯，报道，DifferentialMethylation，回归，测序，软件
版本	1.13.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(3年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0.0)，SummarizedExperiment、方法、S4Vectors，BiocParallel，GenomicRanges，IRanges
进口	跑龙套,统计数据,speedglm，质量，data.table样条函数,手臂，rtracklayer，benchmarkme，宠物猫，matrixStats，fastDummies、图形
链接
建议	testthat，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/shokoohi/DMCFB/issues
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	DMCFB_1.13.0.tar.gz
Windows二进制	DMCFB_1.13.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	DMCFB_1.13.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	DMCFB_1.13.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DMCFB
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DMCFB
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/DMCFB/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DMCFB/
软件包下载报告	下载数据