DIAlignR

DOI:10.18129 / B9.bioc.DIAlignR

这是发展DIAlignR版本;稳定的发布版本,请参阅DIAlignR。

基于动态规划的一致性一色谱

Bioconductor版本:发展(3.17)

获得公正的蛋白质组覆盖从生物样品,质谱仪操作在数据独立收购(DIA)模式。对齐的DIA运行建立一致性和不完整的数据矩阵中的遗漏值。这个方案实现了动态规划和基于仿射点球差距的方法分析物的两两对齐。混合全局比对的方法(通过一份功能)和局部比对(一份色谱)中实现这个工具。

作者:Shubham古普塔(aut (cre),汉斯·罗斯特(aut),贾斯汀唱(aut)

维护人员:Shubham Gupta < Shubham。1637年gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“DIAlignR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“DIAlignR”)

HTML	R脚本	一份基于色谱质谱仪对齐目标运行
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,MassSpectrometry,代谢组学,蛋白质组学,软件
版本	2.7.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	方法、统计、R (> = 4.0)
进口	动物园(1.8 > = 3),data.table,magrittr,dplyr,tidyr,rlang,mzR(> = 2.18),信号,bit64,网状,ggplot2,RSQLite,DBI,猿,phangorn,pracma,RMSNumpress,Rcpp
链接	Rcpp,RcppEigen
建议	knitr,akima,晶格,尺度,gridExtra,latticeExtra,rmarkdown,BiocStyle,BiocParallel,testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements	c++ 14
增强了
URL
BugReports	https://github.com/shubham1637/DIAlignR/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DIAlignR_2.7.0.tar.gz
Windows二进制	DIAlignR_2.7.0.zip
macOS二进制(x86_64)	DIAlignR_2.7.0.tgz
macOS二进制(arm64)	DIAlignR_2.7.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DIAlignR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DIAlignR
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/DIAlignR/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DIAlignR/
包下载报告	下载数据