DIAlignR

DOI:10.18129 / B9.bioc.DIAlignR

这是发展DIAlignR版本;稳定的发布版本,请参阅DIAlignR

基于动态规划的一致性一色谱

Bioconductor版本:发展(3.17)

获得公正的蛋白质组覆盖从生物样品,质谱仪操作在数据独立收购(DIA)模式。对齐的DIA运行建立一致性和不完整的数据矩阵中的遗漏值。这个方案实现了动态规划和基于仿射点球差距的方法分析物的两两对齐。混合全局比对的方法(通过一份功能)和局部比对(一份色谱)中实现这个工具。

作者:Shubham古普塔(aut (cre),汉斯·罗斯特(aut),贾斯汀唱(aut)

维护人员:Shubham Gupta < Shubham。1637年gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“DIAlignR”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“DIAlignR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

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HTML R脚本 一份基于色谱质谱仪对齐目标运行
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文本 新闻

细节

biocViews 对齐,MassSpectrometry,代谢组学,蛋白质组学,软件
版本 2.7.0
Bioconductor自 BioC 3.11 (r - 4.0)(2.5年)
许可证 GPL-3
取决于 方法、统计、R (> = 4.0)
进口 动物园(1.8 > = 3),data.table,magrittr,dplyr,tidyr,rlang,mzR(> = 2.18),信号,bit64,网状,ggplot2,RSQLite,DBI,,phangorn,pracma,RMSNumpress,Rcpp
链接 Rcpp,RcppEigen
建议 knitr,akima,晶格,尺度,gridExtra,latticeExtra,rmarkdown,BiocStyle,BiocParallel,testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements c++ 14
增强了
URL
BugReports https://github.com/shubham1637/DIAlignR/issues
取决于我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 DIAlignR_2.7.0.tar.gz
Windows二进制 DIAlignR_2.7.0.zip
macOS二进制(x86_64) DIAlignR_2.7.0.tgz
macOS二进制(arm64) DIAlignR_2.7.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DIAlignR
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DIAlignR
Bioc包浏览器 https://code.bioconductor.org/browse/DIAlignR/
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/DIAlignR/
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