DEsubs

DOI:10.18129 / B9.bioc.DEsubs

这是发展DEsubs版本;稳定的发布版本,请参阅DEsubs。

DEsubs: R方案灵活的识别差异表达subpathways使用RNA-seq表达实验

Bioconductor版本:发展(3.17)

DEsubs是一个基于网络的系统生物学包,提取disease-perturbed subpathways通路网络内记录下RNA-seq实验。它包含一个广泛的和可定制的框架涵盖范围广泛的操作模式在所有阶段的subpathway分析,使一个特定的方法。操作模式参考路径网络建设和加工、subpathway提取、可视化和富集分析各种生物和药理特性。其功能使它tool-guide modeler和实验者更健壮的系统性识别的生物标志物对于复杂疾病。

作者:Aristidis Vrahatis和帕诺斯Balomenos

维护人员:Aristidis g . Vrahatis < agvrahatis upatras。gr >,帕诺斯Balomenos < Balomenos在upatras.gr >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“DEsubs”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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PDF	R脚本	DEsubs
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,GraphAndNetwork,ImmunoOncology,KEGG,网络,NetworkEnrichment,归一化,通路,RNASeq,软件,SystemsBiology
版本	1.25.0
Bioconductor自	BioC 3.4 (r - 3.3)(6.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.3),locfit
进口	图,igraph,RBGL,circlize,limma,刨边机,EBSeq,NBPSeq、统计、grDevices图形,pheatmap跑龙套,ggplot2,矩阵,jsonlite、工具、DESeq2、方法
链接
建议	RUnit,BiocGenerics,knitr,rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DEsubs_1.25.0.tar.gz
Windows二进制	DEsubs_1.25.0.zip
macOS二进制(x86_64)	DEsubs_1.25.0.tgz
macOS二进制(arm64)	DEsubs_1.25.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DEsubs
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DEsubs
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/DEsubs/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DEsubs/
包下载报告	下载数据