DESeq2

DOI:10.18129 / B9.bioc.DESeq2

这是发展DESeq2版本;稳定版请参见DESeq2．

基于负二项分布的差异基因表达分析

Bioconductor版本:开发(3.14)

基于使用负二项分布的模型，估计来自高通量测序测定的计数数据中的方差-均值依赖性，并检验差异表达。

作者:Michael Love [aut, cre]， Constantin Ahlmann-Eltze [ctb]， Kwame Forbes [ctb]， Simon Anders [aut, ctb]， Wolfgang Huber [aut, ctb]， RADIANT EU FP7 [fnd]， NIH NHGRI [fnd]， CZI [fnd]

维护者:Michael Love

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("DESeq2")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“DESeq2”)

超文本标记语言	R脚本	用DESeq2分析RNA-seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯，ChIPSeq，聚类，DifferentialExpression，GeneExpression，ImmunoOncology，归一化，PrincipalComponent，RNASeq，回归，测序，软件，转录
版本	1.33.1
在Bioconductor	BioC 2.12 (R-3.0)(8年)
许可证	LGPL (>= 3)
取决于	S4Vectors(> = 0.23.18),IRanges，GenomicRanges，SummarizedExperiment(> = 1.1.6)
进口	BiocGenerics(> = 0.7.5),Biobase，BiocParallel，genefilter，方法，统计4，locfit，geneplotter，ggplot2，Rcpp(> = 0.11.0)它
链接	Rcpp，RcppArmadillo
建议	testthat，knitr，rmarkdown，vsn，pheatmap，RColorBrewer，apeglm，ashr，tximport，tximeta，tximportData，readr，pbapply，气道，pasilla(> = 0.2.10),glmGamPoi，BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/mikelove/DESeq2
全靠我	DEWSeq，DEXSeq，metaseqR2，rgsepd，rnaseqDTU，rnaseqGene，SeqGSEA，移行细胞癌，tRanslatome
进口我	Anaquin，微生物，anota2seq，APAlyzer，BioNERO，BloodCancerMultiOmics2017，BRGenomics，CeTF，circRNAprofiler，consensusDE，coseq，countsimQC，crossmeta，DaMiRseq，debrowser，DEComplexDisease，反编排，DEGreport，deltaCaptureC，DEsubs，DiffBind，EBSEA，eegc，ERSSA，exomePeak2，ExpHunterSuite，FieldEffectCrc，GDCRNATools，GeneTonic，GenoGAM，Glimma，HTSFilter，icetea，理想的，IHWpaper，检查，感兴趣，isomiRs，kissDE，microbiomeExplorer，MLSeq，multiSight，马斯喀特，NBAMSeq，ORFik，先驱者，PathoStat，pcaExplorer，phantasus，高伦雅芙，recountWorkflow，RegEnrich，regionReport，ReportingTools，RiboDiPA，Rmmquant，RNASeqR，scBFA，scGPS，SEtools，singleCellTK，SNPhood，spatialHeatmap，srnadiff，systemPipeR，systemPipeTools，TBSignatureProfiler，TimeSeriesExperiment，UMI4Cats，vidger，火神
建议我	aggregateBioVar，apeglm，bambu，biobroom，BiocGenerics，BioCor，BiocSet，篮球选手，CAGEWorkflow，compcodeR，curatedAdipoChIP，curatedAdipoRNA，dearseq，derfinder，diffloop，dittoSeq，EDASeq，EnhancedVolcano，EnrichmentBrowser，鱼池，fluentGenomics，计，GenomicAlignments，GenomicRanges，glmGamPoi，HiCDCPlus，IHW，InteractiveComplexHeatmap，miRmine，OPWeight，PCAtools，phyloseq，后代，适当的，重新计票，RegParallel，RUVSeq，食物，Single.mTEC.Transcriptomes，subSeq，SummarizedBenchmark，systemPipeShiny，TFEA。芯片，tidybulk，topconfects，tximeta，tximport，variancePartition，扳手，zinbwave
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	DESeq2_1.33.1.tar.gz
Windows二进制	DESeq2_1.33.1.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	DESeq2_1.33.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DESeq2
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/DESeq2
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DESeq2/
软件包下载报告	下载数据