重新评估

DOI：10.18129 / b9.bioc.degreport.

这是发展版本的转诊;对于稳定的版本版本，请参阅重新评估。

DEG分析报告

Bioconducts版本：开发（3.14）

创建计数数据的差异表达分析的HTML报告。它集成了Deseq2和Edger vignettes中提到的一些代码，并根据每个选定基因的折叠变化来报告排名基因列表。

作者：Lorena Pantano [Aut，Cre]，John Hutchinson [CTB]，Victor Barrera [CTB]，Mary Piper [CTB]，Radhika Khetani [CTB]，Kenneth Daily [CTB]，Thanneer Malai Perumal [CTB]，Rory Kirchner [CTB]，Michael Steinbaugh [CTB]

维护者：Lorena Pantano

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！carcenamespace（“biocmanager”，静静= true））install.packages（“biocmanager”）＃以下初始化Buoc Devel Biocmanager :: Install（版本='devel'）BiocManager ::安装（“DepePort”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“DECTEPORT”）

HTML.	r script.	QC和下游分析差异表达RNA-SEQ
PDF.		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

Biocviews.	不同的亚兴那基因表达那免疫学那rnaseq.那报告写作那软件那可视化
版本	1.29.0
在生物导体中以来	BIOC 3.0（R-3.1）（6.5岁）
执照	mit +文件执照
依靠	r（> = 3.6.0）
进口	Utils，方法，BioBase.那生物根系那扫帚那盘旋那ComplexHeatMap.那电台那共识那簇那deseq2.那dplyr.那edger.那ggplot2.那ggdendro， 网格，GGRepel.，grdevices，kn那记录那拉索2那Magrittr.那喷嘴那psych那rcolorbrewer.那重塑那rlang.那秤，统计，stringr.那S4Vectors.那概括分析那Tidyr.那娇媚
链接到
建议	生物焦那annotationdbi.那林马那Pheatmap.那RAMAMAMDOW.那Statmod.那testthat.
系统要求
加强
URL.	http://lpantano.github.io/degreport/
Bugreports.	https://github.com/lpantano/degregre/issues.
取决于我
进口我	Isomirs.
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	Degreport_1.29.0.tar.gz.
Windows二进制文件
Macos 10.13（高塞拉）	DECHEPORT_1.29.0.TGZ.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/degreport.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondudard.org：包/降级
包短网址	https://biocumon.org/packages/degreport/
包裹下载报告	下载统计信息