DAPAR

DOI:10.18129 / B9.bioc.DAPAR

这是发展DAPAR版本;稳定的发布版本,请参阅DAPAR。

工具的微分分析蛋白质丰度与R

Bioconductor版本:发展(3.16)

的包DAPAR Bioconductor分布式R包提供了所有必要的功能来分析定量数据从label-free蛋白质组学实验。相反大多数其他类似R包,它是丰富的和用户友好的图形界面,所以不需要编程技巧(见“Prostar”包)。

作者:塞缪尔Wieczorek (aut (cre),佛罗伦萨梳(aut),托马斯•汉堡(aut) Vasile-Cosmin Lazar[所有],Enora Fremy[所有],海琳博尔赫斯(施)

维护人员:塞缪尔Wieczorek <撒母耳。wieczorek在cea.fr >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“DAPAR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“DAPAR”)

PDF	R脚本	Prostar用户手册
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,去,MassSpectrometry,归一化,预处理,蛋白质组学,质量控制,软件
版本	1.29.1
Bioconductor自	BioC 3.2 (r - 3.2)(7年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.2.0)
进口	Biobase,MSnbase,DAPARdata(> = 1.26.3),跑龙套,highcharter,foreach
链接
建议	testthat,BiocStyle,AnnotationDbi,clusterProfiler,图,diptest,集群,vioplot,visNetwork,vsn,igraph,FactoMineR,factoextra,dendextend平行,doParallel,Mfuzz,apcluster,forcats,readxl,openxlsx,multcomp,purrr,宠物猫,knitr,规范,尺度,tidyverse,cp4p,imp4p(> = 1.1),lme4,dplyr,limma,preprocessCore,stringr,tidyr,嫁祸于,gplotsgrDevices,reshape2、图形、数据、方法、ggplot2,RColorBrewer,矩阵,org.Sc.sgd.db
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.prostar-proteomics.org/
BugReports	https://github.com/prostarproteomics/DAPAR/issues
取决于我
进口我	Prostar
建议我	DAPARdata
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	DAPAR_1.29.1.tar.gz
Windows二进制	DAPAR_1.29.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	DAPAR_1.29.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DAPAR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ DAPAR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/DAPAR/
包下载报告	下载数据