CoreGx

DOI:10.18129 / B9.bioc.CoreGx

这是发展CoreGx版本;稳定版请参见CoreGx．

类和函数作为其他“Gx”包的基础

Bioconductor版本:开发(3.17)

作为我们实验室R包套件(如“PharmacoGx”和“RadioGx”)基础的函数和类的集合。创建这个包是为了从其他实验室包版本中抽象出共享功能，以提高可维护性，并减少当前和未来“Gx”套件程序中的代码重复。主要功能包括“CoreSet”类，其中“RadioSet”和“PharmacoSet”派生自“CoreSet”类，以及每个插槽的get和set方法。还包括与拟合和绘制剂量反应曲线、量化统计相关性和计算曲线下面积(AUC)或生存分数(SF)相关的附加功能。有关更多详细信息，请参阅所附文件，以及:斯米尔诺夫，P.，萨菲哈尼，Z.， El-Hachem, N.，王，D.， She, A.，奥尔森，C.，弗里曼，M.，塞尔比，H.，根杜，D.，格罗斯曼，P.，贝克，A.， Aerts, H.，卢皮恩，M.，戈登伯格，A. (2015) ．Manem, V.， Labie, M.， Smirnov, P.， Kofia, V.， Freeman, M.， Koritzinksy, M.， Abazeed, M.， Haibe-Kains, B.， Bratman, S. (2018) ．

作者:Petr Smirnov [aut]， Ian Smith [aut]， Christopher Eeles [aut]，菲菲Li [aut]， Benjamin haebe - kains [aut, cre]

维护者:Benjamin Haibe-Kains < Benjamin .haibe。Kains at utoronto.ca>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("CoreGx")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CoreGx”)

超文本标记语言	R脚本	类和函数抽象
超文本标记语言	R脚本	治疗反应实验班
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	分类，药物基因组学，软件，生存
版本	tripwire
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(2.5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R (>= 4.1)，BiocGenerics，SummarizedExperiment
进口	Biobase，S4Vectors，MultiAssayExperiment，MatrixGenerics，钢琴，BiocParallel平行,BumpyMatrix，使彻底失败，方法，统计，utils，图形，grDevices，文理学院，data.table，蜡笔，胶水，rlang，板凳上
链接
建议	老鸨，减价，BiocStyle，rmarkdown，knitr，formatR，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	PharmacoGx，RadioGx，ToxicoGx
进口我	PDATK
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CoreGx_2.3.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)
macOS二进制文件(arm64)	CoreGx_2.3.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CoreGx
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CoreGx
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CoreGx/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CoreGx/
软件包下载报告	下载数据