文案

DOI:10.18129 / B9.bioc.CopywriteR

这是发展版本的文案;稳定的发布版本请参见文案。

使用脱靶读取从目标序列复制数字信息

生物导体版本:开发(3.13)

CopywriteR利用脱靶读取从目标测序中提取DNA拷贝数信息。它可以提取均匀分布的拷贝数信息，可以不参考使用，可以应用于染色质免疫沉淀、小基因面板靶物富集等多种技术获得的测序数据。因此，CopywriteR构成了一个广泛适用的替代可用的拷贝数检测工具。

作者:托马斯Kuilman

维护人:Oscar Krijgsman

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("CopywriteR")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

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PDF	R脚本	文案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,报道,ExomeSeq,ImmunoOncology,预处理,软件,TargetedResequencing,可视化
版本	2.23.0
Bioconductor自	BioC 3.1 (R-3.2)(6年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.2),BiocParallel
进口	matrixStats,gtools,data.table,S4Vectors,chipseq,IRanges,Rsamtools,DNAcopy,GenomicAlignments,GenomicRanges,CopyhelpeR,GenomeInfoDb,futile.logger
链接
建议	BiocStyle,SCLCBam,雪
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/PeeperLab/CopywriteR
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	CopywriteR_2.23.0.tar.gz
Windows二进制	CopywriteR_2.23.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	CopywriteR_2.23.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CopywriteR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/文案
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CopywriteR/
包下载报告	下载数据