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- Bioconductor 3.17
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- CopyNumberPlots(开发版)
CopyNumberPlots
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DOI:10.18129 / B9.bioc.CopyNumberPlots
这是发展CopyNumberPlots版本;稳定的发布版本,请参阅CopyNumberPlots。
使用karyoploteR功能创建人类的阴谋
Bioconductor版本:发展(3.17)
CopyNumberPlots有一组函数扩展karyoploteRs功能创造美丽,可定制的和灵活的情节相关的人类基因组数据。
作者:Bernat凝胶< bgel igtp。猫>和米里亚姆Magallon < mmagallon在igtp.cat >
维护人员:Bernat凝胶< bgel在igtp.cat >
从内部引用(R,回车引用(“CopyNumberPlots”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“CopyNumberPlots”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“CopyNumberPlots”)
| HTML | R脚本 | CopyNumberPlots装饰图案 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | CopyNumberVariation,报道,DNASeq,DataImport,OneChannel,测序,软件,可视化 |
| 版本 | 1.15.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.9 (r - 3.6)(3.5年) |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (> = 3.6),karyoploteR |
| 进口 | 地区,IRanges,Rsamtools,SummarizedExperiment,VariantAnnotation、方法、统计数据GenomeInfoDb,GenomicRanges,cn.mops,rhdf5,跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle,knitr,rmarkdown,panelcn.mops,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked,DNAcopy,testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/bernatgel/CopyNumberPlots |
| BugReports | https://github.com/bernatgel/CopyNumberPlots/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | CNVfilteR,CNViz |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | CopyNumberPlots_1.15.0.tar.gz |
| Windows二进制 | CopyNumberPlots_1.15.0.zip |
| macOS二进制(x86_64) | CopyNumberPlots_1.15.0.tgz |
| macOS二进制(arm64) | CopyNumberPlots_1.15.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CopyNumberPlots |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CopyNumberPlots |
| Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/CopyNumberPlots/ |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/CopyNumberPlots/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
