CompoundDb

DOI:10.18129 / B9.bioc.CompoundDb

这是发展CompoundDb版本;稳定的发布版本,请参阅CompoundDb。

(化学)复合注释数据库的创建和使用

Bioconductor版本:发展(3.18)

CompoundDb提供功能来创建和使用(化学)复合注释数据库从各种不同的来源,如LipidMaps HMDB, ChEBI或MassBank。数据库格式允许存储除了MS / MS谱以及复合信息。包还提供了一个后端Bioconductor光谱的包,因此允许匹配试验对MS / MS MS / MS谱光谱在数据库中。数据库可以存储在SQLite格式,因此便于携带。

作者:Jan Stanstrup (aut),Johannes Rainer (aut (cre)出身于m .十二月(施),罗杰(aut)发动机是否有,安德里亚维克尼(aut)

维护人员:约翰Rainer <约翰内斯。在eurac.edu rainer >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“CompoundDb”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“CompoundDb”)

HTML	R脚本	创建CompoundDb注释资源
HTML	R脚本	使用注释资源CompoundDb包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,MassSpectrometry,代谢组学,软件
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (r - 4.2)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(> = 4.1),方法,AnnotationFilter,S4Vectors
进口	BiocGenerics,ChemmineRDBI,宠物猫,jsonlite dplyr dbplyr, RSQLite,Biobase,ProtGenericsxml2,IRanges,光谱(> = 1.9.12),MsCoreUtils,MetaboCoreUtils,BiocParallel
链接
建议	knitr、rmarkdown testthat,BiocStyle(> = 2.5.19),MsBackendMgf
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/RforMassSpectrometry/CompoundDb
BugReports	https://github.com/RforMassSpectrometry/CompoundDb/issues
取决于我
进口我	MetaboAnnotation
建议我	AHMassBank,AnnotationHub
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CompoundDb_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	CompoundDb_1.5.0.zip
macOS二进制(x86_64)	CompoundDb_1.5.0.tgz
macOS二进制(arm64)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CompoundDb
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CompoundDb
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CompoundDb/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CompoundDb/
包下载报告	下载数据