我思

DOI:10.18129 / B9.bioc.Cogito

这是发展我思的版本;稳定的发布版本,请参阅我思。

比较基因组的间隔——自动化工具,完整的、可再生的和清晰的报告基因和外遗传性数据集

Bioconductor版本:发展(3.17)

生物研究通常包含多个条件与不同的实验室检查ups RNA-sequencing或ChIP-sequencing等。概述了解整个结果数据集,我思提供了一个自动的,完整的、可再生的和清晰的报告所有样品和基本所有不同样本之间的比较。这个报告可以作为文档的数据集或作为进一步定制分析起点。

作者:安妮卡汉堡(cre, aut)

维护人员:安妮卡汉堡<。方式在uni-muenster.de >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“我思”)

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文档

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HTML	R脚本	我思:比较注释基因间隔工具
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	FunctionalGenomics,GeneRegulation,测序,软件
版本	1.5.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (> = 4.1),GenomicRanges,jsonlite,GenomicFeatures,熵
进口	BiocManager,rmarkdown,GenomeInfoDb,S4Vectors,AnnotationDbi、图表、数据、跑龙套、方法magrittr,ggplot2,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene
链接
建议	BiocStyle,knitr,减价,testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	Cogito_1.5.0.tar.gz
Windows二进制	Cogito_1.5.0.zip
macOS二进制(x86_64)	Cogito_1.5.0.tgz
macOS二进制(arm64)	Cogito_1.5.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/Cogito
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/我思
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/Cogito/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/Cogito/
包下载报告	下载数据