CoRegNet

DOI:10.18129 / B9.bioc.CoRegNet

这是发展CoRegNet版本;稳定版请参见CoRegNet．

CoRegNet:共同调控网络的重建与整合分析

Bioconductor版本:开发(3.17)

这个包提供了识别活性转录程序的方法。提供了从转录组数据导入或推断大规模共调控网络的方法和类。编码网络的特异性在于模拟转录因子合作。可以整合外部调控证据(TFBS, ChIP，…)来评估推断的网络，并在必要时对其进行改进。网络中调控因子的转录活性可以通过测量它们在给定样本中的影响来估计。最后，可以使用交互式UI来浏览合作监管机构的网络，并将其在特定样本或子组样本中的活动可视化。所提出的可视化工具可用于整合基因表达、转录活性、拷贝数状态、样本分类和包括共调控信息的转录网络。

作者:Remy Nicolle, Thibault Venzac和Mohamed Elati

维护者:Remy Nicolle < Remy .c。Nicolle在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("CoRegNet")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“CoRegNet”)

超文本标记语言	R脚本	自定义打印方法
PDF		参考手册

细节

biocViews	GeneExpression，GeneRegulation，GraphAndNetwork，网络，NetworkEnrichment，NetworkInference，软件，SystemsBiology，转录，可视化
版本	1.37.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(8.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 2.14)，igraph，闪亮的，arules、方法
进口
链接
建议	RColorBrewer，gplots，BiocStyle，knitr，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	CoRegNet_1.37.0.tar.gz
Windows二进制	CoRegNet_1.37.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	CoRegNet_1.37.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	CoRegNet_1.37.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CoRegNet
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/CoRegNet
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/CoRegNet/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CoRegNet/
软件包下载报告	下载数据