ChromSCape

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChromSCape

这是发展ChromSCape版本;稳定的发布版本请参见ChromSCape。

单细胞表观基因组学数据集分析与一个闪亮的应用程序

生物导体版本:开发(3.13)

ChromSCape -染色质景观图谱单细胞-是一个现成的易用的闪亮应用程序，用于分析单细胞表观基因组数据集(scChIP-seq, scATAC-seq, scCUT&Tag，…)从对齐数据到差异分析和基因集富集分析。它具有高度的交互性，使用户能够保存他们的分析，并涵盖了广泛的分析步骤:QC，预处理，过滤，批次校正，降维，可视化，聚类，差异分析和基因集分析。

作者:Pacome Prompsy，塞琳·瓦洛

维护者:快来临时<快来。在curie.fr prompsy >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("ChromSCape")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ChromSCape”)

超文本标记语言	R脚本	ChromSCape
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq,注释,BatchEffect,ChIPSeq,分类,聚类,DifferentialPeakCalling,表观遗传学,GeneSetEnrichment,MethylSeq,MultipleComparison,归一化,通路,预处理,PrincipalComponent,质量控制,ReportWriting,SingleCell,软件,可视化
版本	1.1.5
Bioconductor自	BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1)
进口	闪亮的,colourpicker,shinyjs,rtracklayer,shinyFiles,shinyhelper,shinycssloaders,矩阵,情节,shinydashboard,colorRamps,kableExtra,冬青,后面;,BiocParallel平行,Rsamtools,ggplot2,qualV,stringdist,fs,qs,DT,食物,嘘,ConsensusClusterPlus,Rtsne,dplyr,tidyr,GenomicRanges,IRanges,irlba,rlist,umap,宠物猫、方法、jsonlite,刨边机、stats、graphics、grDevices、utils、S4Vectors,SingleCellExperiment,SummarizedExperiment,msigdbr,寿司,forcats,Rcpp,鸡笼,matrixTests,DelayedArray
链接	Rcpp
建议	testthat,knitr,减价,rmarkdown,BiocStyle,Signac,未来
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/vallotlab/ChromSCape
BugReports	https://github.com/vallotlab/ChromSCape/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ChromSCape_1.1.5.tar.gz
Windows二进制	ChromSCape_1.1.5.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	ChromSCape_1.1.5.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChromSCape
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ChromSCape
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChromSCape/
包下载报告	下载数据