ChIPpeakAnno

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPpeakAnno

这是发展ChIPpeakAnno版本;稳定版请参见ChIPpeakAnno

从ChIP-seq、ChIP-chip实验或任何实验中识别的峰的批量注释导致大量的染色体范围

Bioconductor版本:开发(3.16)

该软件包包括检索峰周围序列的功能,获得丰富的基因本体(GO)术语,找到最近的基因,外显子,miRNA或自定义特征,如最保守的元素和其他转录因子结合位点由用户提供。从2.0.5开始,添加了新的功能,用于查找具有总结统计的双向启动子的峰值(peaksNearBDP),用于汇总峰值中motif的出现情况(summarizePatternInPeaks),以及用于向注释的峰值或充实的go添加其他id (addGeneIDs)。这个包利用了biomaRt, IRanges, Biostrings, BSgenome, GO.db, multtest和stat包。

作者:朱丽华朱莉,欧建宏,于军,胡凯,刘海波,Hervé Pagès,克劳德·加津,内森·劳森,瑞恩·汤普森,西蒙·林,大卫·拉普安特和迈克尔·格林

维护者:欧建宏<建宏。ou at duke.edu>,朱丽华Julie Zhu < Julie。在umassmed.edu>

引文(从R内,输入引用(“ChIPpeakAnno”)):

安装

要安装这个包,启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("ChIPpeakAnno")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“ChIPpeakAnno”)

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文本 新闻

细节

biocViews 注释ChIPSeqChIPchip软件
版本 3.31.1
在Bioconductor BioC 2.5 (R-2.10)(12.5年)
许可证 GPL (>= 2)
取决于 R(>= 3.5),方法,IRanges(> = 2.13.12),GenomicRanges(> = 1.31.8),S4Vectors(> = 0.17.25)
进口 AnnotationDbiBiocGenerics(> = 0.1.0),Biostrings(> = 2.47.6),DBIdplyrensembldbGenomeInfoDbGenomicAlignmentsGenomicFeaturesRBGLRsamtoolsSummarizedExperiment维恩图biomaRtggplot2grDevices,,图形,网格,InteractionSetKEGGRESTmatrixStats地区rtracklayer,统计,效用
链接
建议 AnnotationHubBSgenomelimmareactome.dbBiocManagerBiocStyleBSgenome.Ecoli.NCBI.20080805BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19org.Ce.eg.dborg.Hs.eg.dbBSgenome.Celegans.UCSC.ce10BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38DelayedArray印尼盾seqinrEnsDb.Hsapiens.v75EnsDb.Hsapiens.v79TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneTxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGeneGO.dbgplotsUpSetRknitrrmarkdowntestthattrackViewermotifStackOrganismDbi
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我 REDseq火神
进口我 ATACseqQCDEScan2GUIDEseq
建议我 chipseqDBR3CPETseqsetvis
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 ChIPpeakAnno_3.31.1.tar.gz
Windows二进制 ChIPpeakAnno_3.31.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) ChIPpeakAnno_3.31.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPpeakAnno
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ChIPpeakAnno
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPpeakAnno/
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