ChIPpeakAnno

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPpeakAnno

这是发展ChIPpeakAnno版本;稳定版请参见ChIPpeakAnno．

从ChIP-seq、ChIP-chip实验或任何实验中识别的峰的批量注释导致大量的染色体范围

Bioconductor版本:开发(3.16)

该软件包包括检索峰周围序列的功能，获得丰富的基因本体(GO)术语，找到最近的基因，外显子，miRNA或自定义特征，如最保守的元素和其他转录因子结合位点由用户提供。从2.0.5开始，添加了新的功能，用于查找具有总结统计的双向启动子的峰值(peaksNearBDP)，用于汇总峰值中motif的出现情况(summarizePatternInPeaks)，以及用于向注释的峰值或充实的go添加其他id (addGeneIDs)。这个包利用了biomaRt, IRanges, Biostrings, BSgenome, GO.db, multtest和stat包。

作者:朱丽华朱莉，欧建宏，于军，胡凯，刘海波，Hervé Pagès，克劳德·加津，内森·劳森，瑞恩·汤普森，西蒙·林，大卫·拉普安特和迈克尔·格林

维护者:欧建宏<建宏。ou at duke.edu>，朱丽华Julie Zhu < Julie。在umassmed.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("ChIPpeakAnno")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ChIPpeakAnno”)

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细节

biocViews	注释，ChIPSeq，ChIPchip，软件
版本	3.31.1
在Bioconductor	BioC 2.5 (R-2.10)(12.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R(>= 3.5)，方法，IRanges(> = 2.13.12),GenomicRanges(> = 1.31.8),S4Vectors(> = 0.17.25)
进口	AnnotationDbi，BiocGenerics(> = 0.1.0),Biostrings(> = 2.47.6),DBI，dplyr，ensembldb，GenomeInfoDb，GenomicAlignments，GenomicFeatures，RBGL，Rsamtools，SummarizedExperiment，维恩图，biomaRt，ggplot2grDevices,图，图形，网格，InteractionSet，KEGGREST，matrixStats，乘，地区，rtracklayer，统计，效用
链接
建议	AnnotationHub，BSgenome，limma，reactome.db，BiocManager，BiocStyle，BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，org.Ce.eg.db，org.Hs.eg.db，BSgenome.Celegans.UCSC.ce10，BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，DelayedArray，印尼盾，seqinr，EnsDb.Hsapiens.v75，EnsDb.Hsapiens.v79，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene，GO.db，gplots，UpSetR，knitr，rmarkdown，testthat，trackViewer，motifStack，OrganismDbi
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	REDseq，火神
进口我	ATACseqQC，DEScan2，GUIDEseq
建议我	chipseqDB，R3CPET，seqsetvis
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ChIPpeakAnno_3.31.1.tar.gz
Windows二进制	ChIPpeakAnno_3.31.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ChIPpeakAnno_3.31.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPpeakAnno
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ChIPpeakAnno
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPpeakAnno/
软件包下载报告	下载数据