ChIPexoQual

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPexoQual

这是发展ChIPexoQual版本;稳定的发布版本请参见ChIPexoQual。

ChIPexoQual

生物导体版本:开发(3.13)

封装与质量控制管道芯片-exo/nexus数据。

作者:Rene Welch, Dongjun Chung, Sunduz Keles

维护人:Rene Welch < Welch at stat.wisc.edu>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("ChIPexoQual")

有关较旧版本的R，请参阅适当的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的软件包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ChIPexoQual”)

超文本标记语言	R脚本	装饰图案的标题
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	对齐,ChIPSeq,报道,质量控制,测序,软件,转录,可视化
版本	1.15.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (R-3.4)(4年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.4.0),GenomicAlignments(> = 1.0.1)
进口	方法,跑龙套,GenomeInfoDb统计数据,BiocParallel,GenomicRanges(> = 1.14.4),ggplot2(> = 1.0),data.table(> = 1.9.6),Rsamtools(> = 1.16.1),IRanges(> = 1.6),S4Vectors(> = 0.8),biovizBase(> = 1.18),扫帚(> = 0.4),RColorBrewer(> = 1.1),dplyr(> = 0.5),尺度(> = 0.4.0),冬青(> = 0.3),hexbin(> = 1.27),rmarkdown
链接
建议	ChIPexoQualExample(> = 0.99.1),knitr(> = 1.10),BiocStyle,gridExtra(> = 2.2),testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https: github.com/keleslab/ChIPexoQual
BugReports	https://github.com/welch16/ChIPexoQual/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ChIPexoQual_1.15.0.tar.gz
Windows二进制	ChIPexoQual_1.15.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ChIPexoQual_1.15.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPexoQual
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ChIPexoQual
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPexoQual/
包下载报告	下载数据