ChIPXpress

DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPXpress

这是发展ChIPXpress版本;稳定版请参见ChIPXpress．

ChIPXpress:利用公开的基因表达谱，从ChIP-seq和ChIP-chip数据中识别转录因子靶基因

Bioconductor版本:开发(3.17)

ChIPXpress将从ChIPx数据中预测的TF结合基因作为输入，并使用从NCBI GEO下载的相应基因表达谱数据库对TF结合靶点按最有可能是功能TF靶点的基因排序。

作者:George Wu

维护人员:George Wu

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.3”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("ChIPXpress")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ChIPXpress”)

PDF	R脚本	ChIPXpress
PDF		参考手册

细节

biocViews	ChIPSeq，ChIPchip，软件
版本	1.43.0
在Bioconductor	BioC 2.11 (R-2.15)(10.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (>= 2.10)，ChIPXpressData
进口	Biobase，GEOquery，frma，affy，bigmemory，biganalytics
链接
建议	mouse4302frmavecs，mouse4302.db，mouse4302cdf，RUnit，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ChIPXpress_1.43.0.tar.gz
Windows二进制
macOS二进制文件(x86_64)	ChIPXpress_1.43.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	ChIPXpress_1.43.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPXpress
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ChIPXpress
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/ChIPXpress/
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPXpress/
软件包下载报告	下载数据