- 家
- Bioconductor 3.16
- 软件包
- ChIPQC(开发版)
ChIPQC
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DOI:10.18129 / B9.bioc.ChIPQC
这是发展ChIPQC版本;稳定的发布版本,请参阅ChIPQC。
ChIPseq数据质量指标
Bioconductor版本:发展(3.16)
ChIPseq数据质量指标。
作者:汤姆·卡罗尔魏Liu Ines de圣地亚哥,罗里明显
维护人员:汤姆卡罗尔< tc.infomatics gmail.com >,罗里鲜明的<罗里。斯塔克在cruk.cam.ac.uk >
从内部引用(R,回车引用(“ChIPQC”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.2”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“ChIPQC”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“ChIPQC”)
| R脚本 | 评估与ChIPQC ChIP-seq样品质量 | |
| ChIPQCSampleReport.pdf | ||
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | ChIPSeq,质量控制,ReportWriting,测序,软件 |
| 版本 | 1.33.1 |
| Bioconductor自 | BioC 2.14 (r - 3.1)(8.5年) |
| 许可证 | GPL (> = 3) |
| 取决于 | R (> = 3.5.0),ggplot2,DiffBind,GenomicRanges(> = 1.17.19),BiocParallel |
| 进口 | BiocGenerics(> = 0.11.3),S4Vectors(> = 0.1.0),IRanges(> = 1.99.17),Rsamtools(> = 1.17.28),GenomicAlignments(> = 1.1.16),chipseq(> = 1.12.0),gtools、方法、reshape2,Nozzle.R1,Biobase,统计grDevices跑龙套,GenomicFeatures,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg18.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene,TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn4.ensGene,TxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGene,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | ChIPQC_1.33.1.tar.gz |
| Windows二进制 | ChIPQC_1.33.1.zip |
| macOS 10.13(高山脉) | ChIPQC_1.33.1.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ChIPQC |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ChIPQC |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/ChIPQC/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
